La mosquée a été construite par l'architecte Karbalayi Safikhan Karabakhi de 1868 à 1870 dans le style typique des mosquées de la région du Karabakh, caractérisé par la présence de galeries à colonnes de pierre sur deux étages et l'utilisation de plafonds en forme de coupoles. D'autres mosquées de ce style incluent la mosquée Barda, la mosquée Yukhari Govhar Agha à Choucha, une mosquée à Fizouli et une autre à Horadiz.
La mosquée est demeurée un des rares bâtiments encore debout dans la ville après la guerre du Haut-Karabagh entre 1992 et 1994[1]. Après la prise d'Agdam par les forces arméniennes, la mosquée a cependant été vandalisée et utilisée comme étable. Le toit a disparu, tandis que des fenêtres, des portes, la décoration intérieure et le sol en marbre ont été saccagés ou détruits[2],[3],[4]
Après la restitution d'Agdam à l'Azerbaïdjan le , à la suite de la deuxième guerre du Haut-Karabagh, la première prière du vendredi après 28 ans est dirigée dans la mosquée par le dernier imam de celle-ci avec la présence de soldats azerbaïdjanais[5].
L'édifice fait l'objet d'un vaste chantier de restauration à partir de 2021, avec le soutien financier de la fondation Heydar Aliyev[6].
↑(en) Carlotta Gall, Anton Troianovski, « After Nagorno-Karabakh War, Trauma, Tragedy and Devastation », sur nytimes.com, New York Times, (consulté le ) : « The graceful 19th-century central mosque is the only building left standing in Aghdam. Defiled by Armenian graffiti, it was used as a cowshed. »
