NGC 539 a été découverte par l'astronome américainFrancis Leavenworth en 1885. Francis Leavenworth a observé cette même galaxie en 1886, mais ne s'est pas aperçu qu'il s'agissait de celle qu'il avait découverte en 1885. Elle a été ajoutée au catalogue NGC sous la désignation NGC 563.
Avec une brillance de surface égale à 14,30 mag/am2, on peut qualifier NGC 539 de galaxie à faible brillance de surface (LSB en anglais pour low surface brightness). Les galaxies LSB sont des galaxies diffuses (D) avec une brillance de surface inférieure de moins d'une magnitude à celle du ciel nocturne ambiant.