Sept ans plus tard, il entre à la commission exécutive provinciale du Parti populaire (PP) pour la province de Cordoue, puis à la commission exécutive régionale en 1994[2]. Il en a été vice-président[1].
Le , il est élu au conseil municipal de Cordoue et devient porte-parole adjoint du groupe PP jusqu'en 1993, puis porte-parole jusqu'en 1995. Le de cette même année, Rafael Merino remporte les élections municipales et est investi maire de la ville[2].
Rafael Merino est porte-parole du groupe populaire à la commission des Administrations publiques. Il démissionne de son mandat le après avoir été nommé directeur général de l'Agence publique des ports d'Andalousie.