Roi Julian photographie Maurice et il disparait. Il croit que Maurice est enfermé dans l'appareil photo. Les Pingouins pensent le contraire et partent à sa recherche.

• Note : Cet épisode est sorti en DVD le 19 février 2009 dans le pack DVD double de Madagascar 2 : La grande évasion. 

Les pingouins construisent une fusée pour aller sur la Lune. Hélas, une erreur de calcul va les diriger vers le sommet d'un immeuble ou vit un chat un peu bizarre.

• Invité : Wayne Knight (Wax) 

La nouvelle du Zoo, Marlène, rencontre les pingouins pour la première fois.

• Invité : Richard Kind (Roger) 

Quand le zoo sort des jouets à l'effigie de Morty, Julian devient jaloux et s'arrange pour qu'ils soient ré-expédiés. L'ennui, c'est que Morty est également ré-expédié ! 

Une fête est organisée pour le "Jour du Roi Julian". Hélas, il faut que Maurice appâtent les convives et Skipper ne semble pas intéressé. 

Marlène a besoin d'aide pour garder des œufs. 

Vu que Julian refuse d'éteindre sa radio, Skipper décide de s'introduire chez lui et de lui dérober ses piles. 

Les pingouins et les lémuriens s'engagent dans un jeu de "capture du drapeau". 

Après que Morty ait accidentellement détruit le fauteuil volant de Julian, celui-ci décrète une nouvelle loi : quiconque lui touchera un pied sera banni. Malheureusement, en dormant, Morty va commettre l'irréparable. 

Quand des webcams sont installées un peu partout, les pingouins refusent cette nouvelle situation. 

Quand le Roi Julian perd sa couronne, Skipper est envoyé pour la retrouver. Pendant ce temps, Marlène est chargée de le calmer.

• Invité : Diedrich Bader (Le roi des rats) 

Kowalski se lance à la recherche de ses amis manquants après que les animaux du zoo aient disparu aux yeux des nouveaux résidents. 

Quand le Roi Julian est emmené à l'infirmerie à cause d'un comportement pire que d'habitude, Maurice prend les choses en main. Mais le pouvoir ne risque-t-il pas de lui monter à la tête ? 

Les pingouins s'amusent autour du zoo dans leur jolie voiture rose. Les ennuis commencent quand le Roi Julian veut conduire sa propre voiture. Ceci débouche inévitablement sur une course !

• Artiste invité : Bret Michaels, invité en chantant "Les Roues du tonnerre". 

Rico est connu pour sa capacité à extraire tout et n'importe quoi de son estomac, mais un jour un gardien va lui donner un médicament contrant cet effet. Problème : il y a une bombe à retardement dans son ventre. 

Une enfant, prénommée Alice, se fait attraper par la gardienne du zoo en donnant du popcorn à Marlène. Les visiteurs n'ont pas le droit de donner du popcorn parce qu'ils ont un régime alimentaire strict. Roi Julian veut se débarrasser d'Alice mais les pingouins ne sont pas d'accord alors ils vont en mission pour retrouver du popcorn. 

Les pingouins font leur cinéma pour engager les visiteurs à leur acheter le poisson d'Alice. Le Roi Julian n'entend pas supporter plus longtemps cette odeur. 

Il gèle chez les pingouins, alors ils décident de faire du hockey sur glace. Ils sont défiés par la bande des rats (Un accro à la couronne). 

Skipper échappe au vétérinaire pour éviter une piqure. Les pingouins tentent de l'y forcer, mais il fait preuve de nombreuses ressources. 

Mason et Phil en ont assez de se faire embêter par les lémurs. Apprenant qu'une éclipse de soleil va se produire, ils préparent une blague au Roi Julian. 

À la suite d'une expérience ratée de Kowalski, Morty quadruple de taille. Quand Julian réalise l'incroyable force de Morty, il décide d'en tirer parti. 

Marlène amène une nouvelle colocataire pour Rondha. Cette morse est très encombrante et a de très mauvaise manières !

• Invitée spéciale : Kathy Kinney (Rhonda) 

Les animaux du zoo commandent de la nourriture chinoise. Tous les pingouins lisent leurs biscuits de fortune et sont satisfaits des résultats. Cependant, la fortune de Rico se lit "Vous allez rencontrer une drôle de fin". Alors que Rico et les pingouins ne croient pas aux malédictions, Julian essaie de leur faire croire en faisant croire à Rico qu'il est maudit (fait atterrir un éléphant sur Rico, envoie une charrette de maïs soufflé dans sa direction) au point où Rico se cache dans un fort d'oreiller. 

Un robot de l'espace est envoyé dans le zoo pour apprendre les méthodes du Roi Julian. 

Le roi des rats terrorise Roger, l'alligator et ami des pingouins (Terrier hanté). 

Private voit un tueur de baleines survoler New-York City, mais personne ne le croit, plus important encore, Kowalski, Rico et Skipper pensent qu'il est devenu fou à cause de la quantité de sucre qu'il avait ingérée avant de l'avoir repéré. Pour tenter de prouver qu'il n'est pas fou, le soldat se dirige à la recherche de la baleine qu'il sait avoir vue. 

Quand les pingouins emmènent Marlène en "mission" dans le parc, elle ne supporte pas de se retrouver en liberté, son instinct prend le dessus.

• Invité spécial : Fred Stoller (en) (Fred) 

Max, le chat, s'est enfui du contrôle animal de l'Officier X et demande l'aide des pingouins. Le zoo est verrouillé, les pingouins acceptent la mission.

• Invité spécial : Cedric Yarbrough (Officier X) 

Une chimpanzée nommée Lulu arrive au zoo pour un court séjour et Phil est épris. Malheureusement, Lulu craque pour Mason, et les pingouins doivent intervenir pour aider Phil à gagner son cœur.

• Invitée spéciale : Jane Leeves (Lulu) 

Lorsque les pingouins sont interrompus par un scientifique curieux à mi-opération, ils laissent le zoo en danger. Malheureusement, le scientifique les a radio-étiquetés. Ils doivent donc compter sur les lémuriens pour mener à bien leur mission et sauver le zoo. 

À l'heure de la fermeture, les pingouins entendent une petite fille pleurer qu'elle a perdu sa poupée. Skipper informe rapidement Private que ce n'est pas lui. Les pingouins essaient de la lui jeter, mais cela se retourne contre elle lorsque la poupée frappe la fille et la jette à l’égout, la faisant pleurer. 

Un mystérieux bandit prive les animaux du zoo de leurs possessions les plus chères.

• Invité spécial : Rob Paulsen (Archie) 

Julian est horrifié de voir que la chorégraphie des babouins attire plus d'attention que la sienne.

• Invitée : Grey DeLisle (Darla) 

Une panne d'électricité au zoo élève les désillusions de grandeur du Roi Julian vers un tout autre niveau. 

Les autres pingouins ont peur que Commandant ne se transforme en zombie après une visite chez le vétérinaire. 

Des frelons peu sympathiques ont l'intention de piquer tous les visiteurs du zoo. 

Après un incident avec Julian, Maurice et Morty sont bannis de son royaume. 

Une toute petite grenouille au comportement épouvantable déménage au zoo et commence à terroriser les autres animaux.

• Invité spécial : Kevin McDonald (Barry) 

Après une dispute, les pingouins montrent à Mason et Phil combien ils ont besoin l'un de l'autre. 

Commandant a une crise identitaire lorsqu'Alice mentionne qu'un des pingouins est en fait une femelle. 

Burt l'éléphant demande aux pingouins de l'aider à s'enfuir du zoo. 

Marlène aperçoit Fred l'écureuil et en tombe immédiatement amoureuse. 

Les animaux filment une publicité pour faire la promotion du zoo lorsqu'une nouvelle chaîne de TV les rend obsolètes. 

Lorsqu'un poisson géant terrorise une mare à canards, Commandant mène une mission pour éliminer la menace. 

Kowalski donne accidentellement vie à une masse de gelée… qui a très faim. 

Lorsqu'une magnifique faucon atterrit dans le zoo, Commandant insiste pour qu'elle y reste.

• Invitée : Kari Wahlgren (Kitka) 

P'tit gars est en colère contre Morty quand celui-ci est choisi pour faire la couverture animale de la brochure du zoo. 

Lorsque les pingouins détruisent le repère secret du Dr Blowhole, il cherche à se venger en kidnappant le Roi Julian, c'est donc aux pingouins de secourir leur bruyant voisin.

• Note : Cet épisode a été diffusé en tant qu'épisode spécial de 30 minutes.
• Invité spécial : Neil Patrick Harris (Docteur Blowhole)