Une experte en anthropologie, Temperance Brennan, et son équipe à l'institut Jefferson (une allusion au Smithsonian Institution) est appelée à travailler en collaboration avec le FBI dans le cadre d'enquêtes criminelles, lorsque les méthodes classiques d'identification des corps ont échoué. Temperance travaille à partir des squelettes (d'où son surnom éponyme de la série : Bones, qui signifie « ossements », en anglais). Celle-ci est épaulée par un agent du FBI, Seeley Booth, avec lequel elle entretient des rapports tantôt conflictuels, tantôt complices voire plus. Elle s'appuie également sur son équipe de scientifiques : Angela Monténégro, la meilleure amie de Brennan, qui a inventé un logiciel pour reconstituer une scène de crime en images tridimensionnelles, le DrJack Hodgins, expert en insectes, spores et minéraux, le Dr Camille Saroyan, expert légiste, mais surtout la supérieure hiérarchique de Brennan et aussi de plusieurs assistants. Il y a également le Dr Lance Sweets, jeune psychologue qui collabore avec Booth sur les techniques d'interrogatoire et de profilage.
La séparation de l'équipe de l'institut Jefferson est interrompue par Caroline Julian, qui rappelle tout le monde, à la rescousse de Camille. En effet, celle-ci a besoin de leur aide pour résoudre une affaire sensible ; sept mois ont donc passé.
Hodgins et Angela reviennent de France et Angela annonce un début de grossesse à Brennan. Sweets renoue avec Daisy, et le Dr Brennan découvre alors que Booth a rencontré quelqu'un en Afghanistan : Hannah Burley, une séduisante journaliste d'investigation qui l'a suivi à Washington pour une enquête dans le milieu politique. Bones accuse le coup et sympathise avec elle, malgré les sentiments qu'elle a toujours pour l'agent du FBI et qu'elle lui avoue alors qu'il est en couple avec Hannah.
L'équipe d'internes se reforme avec également : Wendell Bray, toujours à court d'argent reprend du service immédiatement ; Vincent Nigel-Murray avait fait fortune à un jeu télévisé mais il a tout dilapidé, il réintégrera également l'équipe et Colin Fisher était interné pour grave dépression, mais il a appris à se contrôler, il peut donc sortir et reprendre son travail.
Le Fossoyeur, Heather Taffet, doit être présentée à ses juges à la suite de sa demande d'appel. Elle sera assassinée devant le palais de Justice, et devant un Dr Sweets bouleversé, par un sniper devenu justicier : Jacob Broadsky, une vieille connaissance de Booth. Ce dernier sera l'une des intrigues de cette sixième saison.
Booth demande Hannah en mariage mais celle-ci refuse par conviction, elle est contre le mariage. Le couple se sépare. Bones le soutient dans cette épreuve, mais elle garde ses distances. Lorsque Jacob Broadsky refait surface et tue Vincent, Bones est bouleversée car celui-ci lui a dit avant de mourir « ne m'obligez pas à partir ». Booth tient à la protéger et lui demande de dormir chez lui. Ils passeront la nuit ensemble. Quelque temps après, l'enfant de Hodgins et Angela nait, un garçon. Ce soir-là, le Dr Brennan avoue à Booth qu'elle est enceinte de lui, ce qui le ravit.
L'équipe du Jefferson doit réduire sa pause d'un an à sept mois car Camille Saroyan se retrouve en difficulté, avec les médias sur le dos, pour identifier les restes d'un enfant.
États-Unis : 9,75 millions de téléspectateurs[4] (première diffusion)
Canada : 1,845 million de téléspectateurs[5] (première diffusion)
France : 4,1 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Un couple de randonneurs découvre deux squelettes dans une grotte d'un parc national. Le groupe autour de Bones et Booth se reforme, avec une nouvelle arrivante : Hannah, la petite-amie de Booth. Ils se sont rencontrés en Afghanistan et celle-ci a été mutée à Washington pour être auprès de lui.
États-Unis : 9,24 millions de téléspectateurs[7] (première diffusion)
Canada : 1,71 million de téléspectateurs[8] (première diffusion)
France : 4,05 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Un corps est retrouvé enseveli dans le sable d'une plage, en pleine décomposition accélérée et des asticots sautillant autour. Il s'agissait d'un culturiste. Brennan profite donc de l'affaire pour étudier le monde des jeunes. Angela révèle sa grossesse aux divers membres de l'équipe, sans le dire à Hodgins, qui croit que personne ne le sait.
Un crâne et deux mains sont retrouvés dans une poubelle. Pour cette enquête, Bones se voit contrainte de prendre comme assistant, un animateur télé d'émission scientifique pour la jeunesse, qui veut l'inviter dans son show.
États-Unis : 9,26 millions de téléspectateurs[14] (première diffusion)
Canada : 1,449 million de téléspectateurs[15] (première diffusion)
France : 5,08 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Un morceau de crâne est retrouvé dans une dalle de béton, mais il semblerait que le reste du squelette ait disparu. L'équipe de l'institut Jefferson découvre qu'il s'agit d'un danseur classique reconverti dans le hip-hop de rue.
États-Unis : 9,2 millions de téléspectateurs[16] (première diffusion)
Canada : 1,618 million de téléspectateurs[17] (première diffusion)
France : 4,33 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Le navire négrier Amalia rose a été retrouvé, et l'équipe du Jefferson est chargée d'identifier les restes. Mais parmi les corps, le squelette d'un jeune homme mort depuis seulement un mois est identifié, recouvert d'un duvet long et rose.
Lors de l'homologation de la plus grande tablette de chocolat du monde, un corps est retrouvé dedans. Pendant ce temps, Hodgins veut annoncer officiellement la grossesse d'Angela alors que tous sont au courant, et Camille s'inquiète de voir partir Michelle à l'université.
États-Unis : 8,83 millions de téléspectateurs[21] (première diffusion)
Canada : 1,677 million de téléspectateurs[22] (première diffusion)
France : 4,36 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Une affaire s'annonce étrange pour Bones : un squelette est retrouvé dans un pick-up qui a explosé et les os auraient fondu, une impossibilité pour l'anthropologue. Elle identifie néanmoins la victime, ce qui les mène vers un ferrailleur et un lycée où des jeunes rebelles se distinguent. Sweets se charge de leur interrogatoire.
Alors que Bones organise un dîner chez elle avec Booth, Hannah, Angela et Hodgins, ils sont appelés pour une affaire : le squelette d'une femme chirurgien est retrouvé entre les racines d'un arbre. Mais au fur et à mesure qu'elle se découvre des points communs avec la victime, Bones va de plus en plus s'identifier à elle.
États-Unis : 10,55 millions de téléspectateurs[26] (première diffusion)
Canada : 1,432 million de téléspectateurs[27] (première diffusion)
France : 5,09 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Un corps est retrouvé en décomposition sous l'eau de la douche d'une maison. La propriétaire est une jeune fille riche superficielle, qui a disparu depuis plusieurs jours. L'atmosphère devient un peu tendue depuis les confessions du Dr Brennan à Booth, mais l'enquête doit être menée.
Le procès en appel de Heather Taffet, le Fossoyeur, va avoir lieu. Booth, Sweets et le procureur Caroline Julian sont présents quand la tueuse en série est abattue d'une balle qui lui fait exploser la tête. Cette mort et ses circonstances vont toucher beaucoup de personnes.
États-Unis : 10,2 millions de téléspectateurs[32] (première diffusion)
Canada : 1,484 million de téléspectateurs[33] (première diffusion)
France : 5 millions de téléspectateurs[34] (première diffusion)
Résumé détaillé
Le corps d'un fermier est retrouvé dans un champ de maïs. Bones et Booth découvrent qu'il avait épousé trois sœurs, soit autant de suspectes. Parallèlement à cette affaire, Camille a du mal à concilier vie professionnelle et vie privée, son petit ami étant lui aussi débordé.
Le corps d'un homme est retrouvé sur le toit d'un bâtiment de la Navy, recouvert d'une moisissure jaune. Un examen plus poussé montre qu'il a subi une multitude de fractures. Il s'agit en fait d'un jeune homme d'une vingtaine d'années qui était grand amateur de BMX. Pendant ce temps, Sweets et Booth envisagent ensemble le mariage avec leurs compagnes.
Le corps d'une organisatrice de mariage est retrouvé dans sa cabine de bronzage. Quand le Dr Brennan montre qu'il s'agit d'un meurtre, Camille ordonne à son équipe de résoudre l'affaire dans la journée, afin qu'elle puisse célébrer la fête de la Saint-Valentin.
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Peter Paige qui interprète l'assistant de la victime dans cet épisode, ainsi que Scott Lowell, le podiatre de l'épisode 17 de la même saison ont tous les deux interprété des personnages principaux de la série Queer as Folk.
Le corps d'un homme est retrouvé dans une chaufferie et Booth reconnait vite le mode opératoire : c'est Jacob Broadsky qui l'a tué. Bones et lui comprennent rapidement qu'il y a plusieurs cibles potentielles. Booth en fait une affaire personnelle.
États-Unis : 11,61 millions de téléspectateurs[42] (première diffusion)
Canada : 1,569 million de téléspectateurs[43] (première diffusion)
France : 3,87 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Le blizzard se lève sur Washington et une affaire urgente s'annonce pour l'équipe du Jefferson. Mais une panne d'électricité plonge la ville dans le noir, forçant Hodgins, Angela, Wendell et Camille à travailler dans le noir d'un côté, Bones et Booth coincés dans un ascenseur avec Sweets pour seule aide. Booth et Brennan vont en profiter pour faire le point sur leur relation.
Plusieurs pieds en décomposition sont retrouvés à la frontière entre les États-Unis et le Canada, ce qui force Bones à collaborer avec un podologue dont elle a récemment méprisé le travail, pour enquêter dans une ferme des corps. Camille voit que l'avenir qu'elle envisage pour Michelle prend une nouvelle tournure.
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Scott Lowell qui interprète le podiatre dans cet épisode ainsi que Peter Paige, qui interprète l'assistant de l'organisatrice de mariage dans l'épisode 14 de cette saison ont tous les deux interprété des personnages principaux de la série Queer as Folk.
États-Unis : 11,45 millions de téléspectateurs[47] (première diffusion)
Canada : 1,477 million de téléspectateurs[48] (première diffusion)
France : 4,58 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Invités
Kevin Will (Randy Shepard)
Résumé détaillé
Le corps d'un présentateur de télévision connu pour détruire les mythes et légendes, est retrouvé dans une forêt. Quand les premières preuves mènent à penser que la bête qui a dévoré son cœur serait un chupacabra, l'incrédulité de Bones rencontre l'esprit ouvert de Booth et Hodgins.
Le corps d'un gardien de musée est retrouvé dévoré dans les Everglades. Lors de sa disparition, il avait dérobé une carte qui a disparu depuis. Booth ne voit qu'une seule personne pour la retrouver : Walter Sherman, un fantasque qui peut retrouver n'importe quoi.
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M6 a arrêté la diffusion française de la série après cet épisode[51] pour reprendre le [52].
Initialement, le titre de l'épisode devait être : Le Troisième Œil, mais M6 a décidé de le changer quelques jours avant la diffusion[10].
L'épisode 19 ne sera diffusé sur RTL-TVI que le pour permettre le lancement de la série dérivée The Finder.
États-Unis : 9,7 millions de téléspectateurs[54] (première diffusion)
France : 4,3 millions de téléspectateurs (première diffusion)
Résumé détaillé
Le corps d'un publicitaire qui s'est orienté vers l'honnêteté radicale est découvert ; sa philosophie amène certaines personnes de l'institut Jefferson à faire de même, comme Angela et Hodgins, qui ont un sujet qu'ils ont du mal à aborder.
Une jeune fille sourde est retrouvée errante et couverte de sang. Totalement paniquée et incapable de communiquer, le procureur Julian demande à l'équipe du Dr Brennan de reconstituer l'histoire de la victime, qui s'avère sordide.
L'équipe de l'institut Jefferson est rappelée sur l'affaire Broadsky alors que tous vaquent à leurs études, mais quand le sniper tue l'un d'entre eux, ils sont résolus à le capturer.
Alors que le laboratoire est sur le qui-vive pour l'accouchement d'Angela, Bones et Booth doivent infiltrer un tournoi de bowling avec Max Keenan pour démasquer le tueur d'un joueur très peu apprécié. À la fin de l'épisode, Angela accouche d'un garçon "Michael" et on voit Brennan et Booth se parler. Celle-ci lui annonce qu'elle est enceinte de lui.
Bonus : 2 commentaires audio (The Doctor in the Photo et The Blackout in the Blizzard) ; versions longues d'épisodes (The Daredevil in the Mold et The Bikini in the Soup) ; bêtisier ; reportage sur les effets visuels ; The Killing Pilot Episode
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