Il est le fils de Salomon Kohn et de Flore Kohn. Il a trois frères : Naftali Théodore Kohn, Lucien Kohn et Armand Kohn et quatre sœurs : Esther Kohn, Zoe Bloemhof, Julie Kohn et Barbe Brunette Pikovsky. Samuel Kohn est le petit-fils de Salomon Wolf Klein (Chlomo Zeev Klein)[5], né à Bischeim, grand-rabbin du Haut-Rhin à Colmar, de 1850 à 1867[6].
Il épouse Marguerite Samuel, de Colmar. Elle est née le à Saverne, Bas-Rhin. Elle est la fille de Henri Samuel et Clémence Glika Samuel. Elle est la sœur de Robert Isaac Samuel, André Samuel, Arthur Nathan Samuel, Jacques Samuel et Josi Samuel[7]. Elle meurt en 1993[8].
Ils ont trois filles : Danièle Schlammé Kohn (épouse du rabbin Jacques Schlammé) et Françoise Szmerla Kohn (mère du rabbin Michaël Szmerla, Dayan de Strasbourg), Judith Simons[9], ainsi que deux fils : le rabbin Philippe Kohn et le juge d'instruction[10] puis avocat général[11] et traducteur de Rachi[12]Jacques Kohn (, Paris- , Jérusalem, Israël)[13],[14].
Samuel Kohn est un membre actif de la synagogue orthodoxe non-consistoriale "Adas Yereim" (Synagogue de la Rue Cadet), dans le 9e arrondissement de Paris. Le rabbin Élie Munk guide les enfants de Samuel Kohn, après sa déportation.
La Seconde Guerre mondiale - Résistance
Il travaille comme fondé de pouvoir dans une banque dont il est renvoyé en vertu des lois antisémites de Vichy de 1941. Dès cette époque, il s'engage dans des actions de résistance. Il rend visite à des internés auxquels il apporte réconfort moral et matériel et participe à plusieurs libérations[15]. Il contribue aux côtés du père Chaillet à sauver une centaine d'enfants juifs destinés à la déportation. En 1943, l'organe de résistance auquel il appartient l'envoie à Lyon où il poursuit son activité[15]. À Lyon, il demeure au 14 place Gabriel Rambaud[16].
Rafle de la rue Sainte-Catherine
Samuel Kohn est arrêté le , lors de la rafle de la rue Sainte-Catherine, par la Gestapo, sous les ordres de Klaus Barbie. Son épouse essaie de faire intervenir le cardinal Gerlier pour le faire libérer mais celui-ci n'a plus de poids face aux Allemands après ses déclarations opposées aux mesures antisémites[15].
Marguerite Kohn. Nous, les rescapés : le destin d'une famille juive française de stricte observance[19].
Catherine Richet, « Biographies des membres de l'Œuvre de secours aux enfants ose-réseau Garel », dans Organisation juive de combat, Paris, Autrement, coll. « Mémoires/Histoire », (ISBN9782746709027, lire en ligne), p. 190-249