Créé en 1952, le club est issu d'une section du club omnisports du CD Vasconia. Il rejoint l'élite du championnat espagnol pour la première fois en 1971, avant de redescendre en seconde division en 1981. Cette relégation est de courte durée et depuis 1982 le club appartient à l'élite espagnole. Vitoria réalise une première et modeste apparition sur la scène européenne en 1985 dans le cadre de la Coupe Korać (élimination au second tour) après avoir remporté la coupe Príncipe de Asturias lors de la saison 1984-1985. Il faut réellement attendre le début des années 1990 pour que le club basque devienne une référence en Espagne. Le premier coup d'éclat du Saski Baskonia est le triomphe en Coupe du Roi lors de la saison 1994-1995 grâce à des joueurs tels que Pablo Laso, figure historique du club, ou encore Velimir Perasović. Ce premier succès est confirmé très rapidement sur la scène internationale. En effet, après deux revers consécutifs en finale de la Coupe Saporta (deuxième échelon européen), les hommes de Manel Comas parviennent à remporter le trophée en 1996 face au PAOK Salonique.
1997-2004 : les ères Scariolo puis Ivanović
L'été 1997 est marqué par l'arrivée sur le banc basque de Sergio Scariolo, futur multi-médaillé avec la sélection espagnole. Dès sa première saison (1997-1998), l'Italien amène Vitoria à la première place dans le championnat espagnol mais butte en finale sur le club de Manresa qui obtient alors son premier titre national. La déception est grande mais l'équipe se console dès la saison suivante par une participation à la phase de groupe de l'Euroligue 1998-1999 et à un deuxième succès en coupe du Roi.
Scariolo s'en va en 1999, ce qui n'empêche pas le Saski Baskonia de commencer le XXIe siècle de belle manière sous l'impulsion de Duško Ivanović qui prend les rênes de l'équipe en 2000. En effet, lors de la saison 2000-2001 d'Euroligue, les Basques atteignent pour la première fois la finale de la compétition mais s'inclinent en cinq manches face au Kinder Bologne d'Antoine Rigaudeau. Dejan Tomašević, le pivot serbe de l'équipe est toutefois récompensé d'une place dans l'équipe-type de l'année. Dès la saison 2001-2002, le club glane son premier titre national en disposant de Malaga en finale (3-0) et réalise même le doublé en remportant une troisième coupe du Roi.
2004-2010 : les années dorées
Luis Scola, ici sous le maillot argentin, est l'un des joueurs historique du club (1998–2007).
Dès lors, Vitoria prétend logiquement à un statut de club majeur espagnol. Entre 2004 et 2010, le Saski Baskonia participe à cinq finales du championnat d'Espagne (sur six possibles) et en remporte deux en 2008 et 2010, auxquelles s'ajoutent deux nouvelles coupes du Roi en 2006 et 2009, quatre Supercoupe d'Espagne, ainsi qu'une historique quadruple qualification consécutive au Final Four de l'Euroligue entre 2005 et 2008. Toutefois, Vitoria ne parvient jamais à remporter la compétition.
Témoin de cette place importante dans la meilleure compétition européenne, le club est le second à atteindre 300 matches joués en Euroligue depuis 2000. Il atteint ce nombre en , devancé de peu par le FC Barcelone[2].
2010-2016 : une légère perte de vitesse
Depuis la saison 2010, le club ne remporte pas le moindre trophée. Après avoir participé à treize finales en six saisons (entre 2004 et 2010), Vitoria ne prend dès lors part qu'à la finale de la Supercoupe d'Espagne 2011, qui se solde par une défaite face au FC Barcelone.
Depuis 2015
Arrivé au club à l'été 2012, Fabien Causeur est nommé capitaine de l'équipe basque avant le début de la saison 2015-2016[3]. En 2015, Velimir Perasović devient le nouvel entraîneur de l'équipe. Le Laboral Kutxa développe alors un jeu attrayant basé sur une attaque rapide (Darius Adams, Mike James, Dāvis Bertāns, Fabien Causeur, Ádám Hanga…) et une présence défensive dans la raquette (Ioánnis Bouroúsis, Tornike Shengelia, les frères Diop). Cette même année, Vitoria bat le Panathinaïkos en quart-de-finale de l'Euroligue (3-0) et se qualifie pour le sixième Final Four d'Euroligue de son histoire[4]. En demi-finale, les Basques s'inclinent après prolongation contre le Fenerbahçe Ülker[5]. Le Laboral Kutxa est battu en demi-finale du championnat d'Espagne et mi-juin, Perasović quitte le club[6].
Rivalité basque avec Bilbao
Depuis la saison 2004-2005 de Liga ACB, les rencontres entre Saski Baskonia, situé à Vitoria-Gasteiz, et le club de Bilbao, le Bilbao Basket, constituent la rivalité basque du championnat. Seulement soixante-six kilomètres séparent les deux villes.
Depuis la disparition du CB Cajabilbao en 1994, Vitoria est le seul club basque évoluant dans l'élite espagnole jusqu'à l'arrivée du Bilbao Basket en 2004, club fondé en 2000. Le premier match entre ces deux formations a lieu le au Pabellón Municipal de Deportes La Casilla de Bilbao et se solde par une victoire écrasante du Baskonia (107-54), ce qui constitue aujourd'hui encore la plus grosse victoire de ce derby. Il faut attendre la troisième rencontre entre les deux clubs pour voir Bilbao glaner son premier succès (92 à 78, le ). Un an plus tard, le , le derby enregistre la plus forte affluence jamais réalisée jusqu'à ce jour pour un match de Liga ACB. En effet, 15 414 spectateurs assistent au Bilbao Exhibition Centre à la victoire de Vitoria (88 à 76) sur son homologue basque. Le record a depuis été battu par Vitoria lors de la réception du Real de Madrid en 2016 en basket-ball.
Lors de la saison 2011-2012 d'Euroligue, Bilbao et Vitoria sont tous deux versés dans le groupe A de la saison régulière. Les deux rencontres tournent à l'avantage de Bilbao, qui, à la faveur d'un goal-average particulier favorable sur son rival, accède au Top 16 puis aux quarts de finale de la compétition.
Le 1er mars2015, alors que Bilbao remporte largement le derby (93 à 75), une bagarre générale éclate à sept secondes de la fin de la rencontre. À la suite d'une action pourtant anodine, Dejan Todorović (Bilbao) et Tornike Shengelia (Vitoria) en viennent aux mains, entraînant avec eux l'ensemble des deux équipes. Les deux joueurs écopent respectivement de quatre et cinq matches de suspension. Trois mille euros d'amende sont également retenus contre Dairis Bertāns (Bilbao), Mamadou Diop et Ilimane Diop (Vitoria).
Salle
Entre 1959 et 1990, Vitoria dispute ses rencontres à domicile dans le Palais des Sports de Mendizorrotza.
À partir de 1991, le club déménage dans la nouvelle Fernando Buesa Arena. Initialement pourvue d'une capacité de 9 923 spectateurs, la salle est agrandie entre 2011 et 2012 et compte désormais 15 504 places. Ce chiffre fait d'elle la salle la plus grande de la Liga ACB, pour autant, elle n'est pas retenue pour l'organisation de la Coupe du monde de basket-ball masculin 2014 en Espagne. Le , la Fernando Buesa Arena établit un nouveau record d'affluence pour la Liga ACB avec 15 504 lors de la réception du Real Madrid[7].
Par ailleurs, l'édifice a accueilli à quatre reprises la coupe du Roi (2000, 2002, 2008 et 2013), la finale de la Coupe Saporta 1996 (remportée par Vitoria) ainsi que le Final Four de l'EuroCoupe 2009-2010.
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