Le río Bogotá, qui donne son nom à la savane, la traverse du nord au sud et se précipite dans ses contreforts formant le salto del Tequendama, chute d'eau qui selon la mythologie chibcha s'est formée lorsque Bochica brisa la roche pour libérer les eaux ayant inondé la terre. Les affluents du río Bogotá forment des vallées fertiles où les populations sont florissantes.
La savane a été baptisée "La Vallée des Châteaux" (espagnol : Valle de los Alcázares) par Gonzalo Jiménez de Quesada en raison du grand nombre de villages de huttes muiscas qui à son arrivée s'étendaient dans la plaine.
La savane de Bogota possède un système de lacs naturels et de ciénagas qui fonctionne comme régulateurs de l'humidité. Agissant comme des éponges sur le río Bogotá et de ses affluents, ces étendues d'eau servent de réservoirs naturels d'eau de pluie et sont un système de filtration et de purification de l'eau naturel. En outre, ils constituent une réserve exceptionnelle de faune et de flore dans la région.
La température moyenne de la savane de Bogota est de 13,5 °C, variant de −5 °C à 26 °C. Les saisons sèches et pluvieuses alternent tout au long de l'année, les mois les plus secs sont décembre, janvier, février et mars, tandis que les mois les plus pluvieux sont avril, mai, septembre, octobre et novembre. La température y est plus stable, variant entre 6−8 °C et 18−20 °C. Juin, juillet et août sont les mois de forts vents avec une plus grande variation de température, à l'aube les températures sont d'environ 10 °C.
La savane de Bogota est la zone habitée avec les températures les plus basses du pays. Ces conditions sont très variables en raison d'El Niño et de La Niña, qui se produisent dans l'océan Pacifique et produisent des changements climatiques très importants.
La savane de Bogota recèle des preuves d'un peuplement très ancien, parmi lesquelles des exemples d'art rupestre qui est représenté par des peintures et des gravures datant de centaines ou de milliers d'années[2]. C'est le cas par exemple dans les abris rocheux d'El Abra, à l'est de Zipaquirá.