Peuplée par les Indiens dans les réductions, sous la juridiction sociale des Jésuites et la tutelle politique de l'Espagne, São Borja passa sous domination portugaise en 1801, par la conquête du Territoire des Missions par Borges do Canto, Gabriel de Almeida et Manoel dos Santos Pedroso. Avec la distribution de terres aux soldats le peuplement commença de manière effective.
Administrativement São Borja faisait partie du territoire de Rio Pardo, duquel elle fut détachée par la Résolution provinciale du , signée par le gouverneur d'alors, Manoel Antônio Galvão. Cette résolution validait le transfert du Privilège Impérial du , qui créait la bourg de Vila de São Luiz Gonzaga -qui ne fut pas consacré politiquement, par faute de moyens.
Le la Chambre Municipale de Rio Pardo prêta serment et un Député municipal fut élu peu après. Par la ratification municipale du , fut installé le bourg de São João et, le , il était élevé à la qualité de paroisse. La Loi nº 185 du , créait le premier District de São Borja. Finalement, le , la condition de ville lui fut attribuée.
Économie
Le Ponte da Integração
Le Pont international São Borja-Santo Tomé était réclamé depuis de nombreuses années par les deux communautés, ayant déjà interpelé Getúlio Vargas à ce sujet dans les années 1930.
L'engagement sur sa construction se fit à partir de la signature d'un accord binational ratifié par les deux présidents de lors, José Sarney et Raúl Alfonsín, en 1989. Dans cet accord, les deux pays prévoyaient de concéder la construction du pont à des entreprises privées, tout en incombant aux deux gouvernements d'engager le travail de vente des concessions. La COMAB -COmmission Mixte Argentine-Brésil- fut créée pour mener à bien l'opération de privatisation.
Dès qu'ils s'installèrent à leurs fonctions, en 1995, le Président du Brésil, Fernando Henrique Cardoso, et le Gouverneur do Rio Grande do Sul, Antônio Britto(en), réitérèrent la priorité de l'entreprise. Si bien que, en février de la même année, lors d'une rencontre de travail à Foz do Iguaçú, Fernando Henrique et son homologue argentin Carlos Menem et leurs respectifs ministres concernés, approuvèrent toutes les décisions de partenariat avec le secteur privé prises auparavant, en utilisant la procédure des Data Room, déjà employée dans les privatisations argentines.
Un appel d'offres fut lancé durant lequel furent sélectionnées vingt-trois entreprises. Le , les travaux furent accordés au consortiumMercovia, formé des entreprises Impregilo (Italie), Cigla (Argentine), Iglys (Brésil), Necon (Argentine), Chediack (Argentine) et Usifast (Brésil).
Le contrat de concession fut homologué le . À cette date, la COMAB livra officiellement la zone construction du pont sur le Río Uruguay, entre l'État du Rio Grande do Sul et la province de Corrientes, à la Mercovia S.A. Par cet acte commença le bail de vingt-cinq ans pour une exploitation privée du transit international, par le biais d'un tarif de péage de 9,85 US$ (1995). Le temps estimé pour la construction était de dix-huit mois à compter d'avril 1996.
Cette collaboration fut la première concession binationale de travaux publics du Mercosul et, aussi, le premier partenariat "public-privé" d'Amérique du Sud. Le Pont fut inauguré le .
En 1913 fut inaugurée la Gare de São Borja par la Brazil Great Southern Railway Co. Ltd., qui reliait la ville à Uruguaiana et Itaqui. En 1938 elle fut reliée plus directement à Porto Alegre, via l'embranchement de la ligne Porto Alegre-Uruguaiana, à partir de Dilermando de Aguiar. La ligne fonctionna jusqu'en 1982 à partir de Santa Maria, date à laquelle la compagnie, entretemps nationalisée, fut concédée à l'entreprise privée América Latina Logística.
