À l'origine, les frontières du territoire comprenaient toutes les terres du territoire du Nord-Ouest situées à l'ouest de la Great Miami et d'une ligne partant vers le nord à partir de sa source, dans le lac Indian, suivant à peu près un méridien situé à 83° 45' ouest. Le territoire s'étendait sur la totalité des États actuels de l'Indiana, de l'Illinois et du Wisconsin, ainsi que sur les parties du Minnesota qui faisaient partie à l'origine du territoire du Nord-Ouest. Il comprenait également la totalité de la péninsule supérieure du Michigan et la moitié occidentale de sa péninsule inférieure, ainsi que la parcelle de l'Ohio actuel située à l'ouest de la Great Miami. Cette dernière fut rattachée à l'Ohio lorsqu'il fut admis dans l'Union, en 1803 ; en même temps, la moitié orientale du Michigan fut intégrée au territoire de l'Indiana. Celui-ci fut réduit en 1805 par la création du territoire du Michigan, puis en 1809, par la création du territoire de l'Illinois. Il disparut le , lorsque l'Indiana devint le dix-neuvième État de l'Union ; le reste du territoire redevint non organisé.