En , il couvre la grève du chantier Lénine à Gdańsk puis la création du syndicat Solidarność. Très proche de Lech Wałęsa, il organise le déplacement interdit du leader syndical à Varsovie pour sa première rencontre avec le cardinal Wichinsky.
L'Afrique devient ensuite, pendant plus de vingt ans, son espace de prédilection. Sa passion pour le Ghana l'amène à s'y installer avec sa famille de 1989 à 1992, période pendant laquelle il effectue un important travail photographique et cinématographique sur l'évolution des rites funéraires (en particulier autour du travail de l'atelier Kane Kwei). Ce travail a fait l'objet de publications et d'expositions dans de nombreux pays.
C'est au Ghana que Thierry Secretan réalise son premier film documentaire en 1983. Au début des années 1990, Jean Rouch présente et projette les films de Thierry Secretan au Musée de l'Homme à Paris.
Après des années d'activité photographique et cinématographique indépendante, il est nommé rédacteur en chef de l'agence Sygma en 1997. Ce retour dans l'univers du photo journalisme est bref. Dès 1998, il retourne en Afrique du Sud où il bénéficie du soutien de Nelson Mandela pour diriger la sauvegarde du fonds photographique Alfred Martin Duggan-Cronin(en). Ce projet aboutit en 2001 à l'exposition Coumpound to Kraal qui a lieu à Johannesbourg et dont Thierry Secretan et le photographe sud-africain Santu Mofokeng sont les commissaires.
Depuis 2004, Thierry Secretan photographie des paysages au dépouillement absolu, en Terre de Feu et aux Açores ; une recherche d’ordre sensorielle qu'il réalise depuis son voilier. Les images de ce travail sont régulièrement exposées.
Le travail de Thierry Secretan sur l'Afrique consacre la créativité de ce continent plutôt que ses conflits[réf. nécessaire], photographiant et filmant nombre d'artistes, de peintres et de musiciens.
André Loez, « Ils ont fait la "der des der". "1914-1918, le temps de nous aimer. Robert, Denise et Victor, courriers de guerre", de Thierry Secrétan, et "Un ouvrier-artisan en guerre. Les témoignages de Gaston Mourlot 1914-1919" », Le Monde des livres, (lire en ligne).