Flannery a occupé divers postes universitaires tout au long de sa carrière, dont ceux de professeur à l'Université d'Adélaïde, directeur du South Australian Museum à Adélaïde, chercheur scientifique principal à l'Australian Museum, Professeur associé pour la chaire d'études sur l'Australie à l'Université Harvard, et professeur à l'Université Macquarie. Il est à ces différents titres l'auteur de nombreux articles scientifiques.
Il est également conseiller sur les questions environnementales au Parlement fédéral australien, conseiller pour le Conseil pour l'avenir du monde et président du Conseil de Copenhague sur le climat(en), une organisation internationale de sensibilisation aux changements climatiques. Ses vues controversées sur la fermeture à moyen terme des traditionnelles centrales thermiques à charbon sont souvent citées dans les médias.
Bibliographie
Tim Flannery (1990 - revised 1995), Mammals of New Guinea, (ISBN0 7301 0411 7)
Tim Flannery (1994), The Future Eaters: An Ecological History of the Australasian Lands and People, (ISBN0-8021-3943-4 et 0-7301-0422-2)
Tim Flannery (1995), Mammals of the South-West Pacific & Moluccan Islands, (ISBN0-7301-0417-6)