Le site de Whitianga est habité depuis plus de mille ans, depuis l'an 950, date de l'arrivée de l'iwi de l'explorateur MaoriKupe. Le nom originel de la ville est Te Whitianga a Kupe, soit « le lieu de passage de Kupe ».
L'iwi Ngati Hei(en) nomme une baie, Te Whanganui-A-Hei, en l'honneur de son chef. Cette même baie sera renommée par James Cook lors de son arrivée en pour y observer l'orbite de Mercure. Il nommera également une rivière de la baie de Whitianga « River of Mangroves » (« rivière de mangroves »). Le premier établissement européen se situa de l'autre côté de la rivière, et durera de 1836 à 1881.
Whitianga fut longtemps un grand port de l'industrie forestière. On y trouva également des orpailleurs, des gum diggers, et des cultivateurs de lin. Aujourd'hui il abrite de petites industries de pêche, d'agriculture et de tourisme.
Sa population a été de 3 768 lors du recensement de 2006, soit une augmentation de 690 personnes depuis 2001[1].