Le scrutin connaît d'importants problèmes d'organisation qui retardent l'heure d'ouverture de la plupart des bureaux de vote, au point de forcer le gouvernement congolais à prolonger le vote jusqu'au 21 décembre dans les bureaux de vote concernés[3],[4]. Selon certains observateurs, il se serait même poursuivi jusqu'au 27 décembre dans certaines localités[5]. Le 24 décembre, l'archevêque de KinshasaFridolin Ambongo Besungu qualifie ainsi le scrutin de « gigantesque désordre organisé »[6].
En janvier 2024, la commission électorale congolaise (Céni) dénonce des fraudes, des actes de vandalisme, des intimidations d'électeurs et des utilisations illégales de machines de vote. La Céni décide en conséquence l'annulation du scrutin dans plusieurs circonscriptions, concernant notamment trois ministres du gouvernement sortant et quatre gouverneurs provinciaux[5].
