Meggondolatlanul belekeveredett Béldi Pál összeesküvésébe, 1676-ban Fogarason bebörtönözték, szabadulása után Kővár és Máramaros kapitánya lett.
Noha előnyösnek tartotta a Habsburgokkal kötendő szövetséget, de a balázsfalvi paktumot követően Moribunda Transylvania című beadványában tiltakozott az udvarnál a katonai uralom ellen.[3] Ellenezte a fogarasi nyilatkozat aláírását, mert véleménye szerint a meghatalmazásuk nem terjedt ki „a fejedelemségnek és az országnak örökös elidenegítésére;” mivel egyedül maradt véleményével, végül ő is aláírta.[4]
1690-ben Bécsbe került, ahol megfogalmazta a Diploma Leopoldinumot. Egy rövid időre I. Lipót helyzete megingott, ezt kihasználva íratta alá a császárral a rendeletet, amely kedvezőbb volt Erdély számára, mint a többi hasonló, többek közt Antonio Caraffa által összeállított tervezet. Az erdélyi rendek ugyanis kérték Lipóttól II. Apafi Mihály fejedelemségének elismerését. Franciaország és Lengyelország azonban Thökölyt támogatta, mivel már tartottak Lipót sikersorozatától, a zsoldosok pusztításai és a hatalmas adók miatt elégedetlen erdélyi nép sem állt ki Apafi mellett, Thököly pedig török és tatár segédlettel augusztus 21-én a zernyesti csatában megverte és fogságba ejtette Heissler császári altábornagyot. A Habsburg-párti Teleki Mihály elesett a harcban. Thökölyt a keresztényszigeti gyűlésen szeptember 25-én egyhangúlag fejedelemmé választották. Thököly a fogságba esett Heisslert küldte Lipóthoz az ajánlatával, miszerint csatlakozik a törökellenes küzdelmekhez, ha elismeri fejedelemségét, valamint birodalmi hercegi címet kap és a szerződést Lengyelország és Velence garantálja. Apafi nyilatkozatban ismerte el gyámjainak a brandenburgi választófejedelmet (III. Frigyes) és Orániai Vilmos angol királyt. Egyébként is angol és holland orientáltságú volt. Ebben a helyzetben Lipót aláírta Bethlen tervezetét. Októberre Thökölyt már kiszorították Erdélyből, így mire Bethlen Erdélybe ért, már vége volt a krízisnek.
1691-ben a fogarasi gyűlés Erdély kancellárjává szavazta meg, bár ő gubernátor szeretett volna lenni, de arról hat szavazattal lemaradt. 1691–1704 között volt ebben a funkcióban. 1694-ben Bánffy György kormányzóval egyeztetve feleségül adta Bethlen Katalint ifjabb Apafihoz. Ennek oka vitatott, talán csak családi kapcsolatot szeretett volna a fejedelemmel, talán már ekkor sejtették, hogy Apafit Bécsben tartják majd és ezzel akadályozták meg, hogy idegen, esetleg katolikus nőt adjanak hozzá.
Egy Hollandiában kiadott Erdély szomorú sorsáról szóló könyve miatt Rabutin élete végéig bécsi fogságban tartotta. Rabságában alkotta élete főművét (Önéletírásom), amelyet gyermekeinek írt okulásul, magyar nyelven.
Első felesége Kun Ilona, fiatalon elhunyt, második felesége Rhédey Júlia, aki templomoknak készített úrasztali terítőiről lett híres.
Művei
Falsitas toti mundo detecta. Antverpiae (Kolozsvár), 1672 (Bársony György ellen irva)
Justi de Palma Florentini Austriae austeritatis, ejusdemque (Continuationis confirmatio. Venetiis (Kolozsvár), 1672 (névtelenül)
Apologia ministrorum evangelicorum ad innocentiam suam orbi Christiano declarandam (Kolozsvár) 1677 (névtelenül)
Epistola ad ministros exules. H. és év n. (1677)
Corona muralis Josepho I. a regio gubernio et toto populo Transylvanico oblata. Claudiopoli, 1703
Histoire des révolutiones de Hongrie. Avec les mémoires du prince François Rákóczy sur la guerre de Hongrie depuis 1703 jusqu'á sa fin, et ceux du comte Betlen Miklos sur les affaires de Transilvanie. Tom. 1-2.; Neaulme, La Haye, 1739
Bethlen Miklós, Gróff ifiukori életének úgy Erdély ország akkori történeteinek le-írása; fordítatott és ki-ad. a Magyar Nemzeti Játtzó Szín hasznára; Református Kollégium Ny., Kolozsvár, 1804 Online
Bethlen Miklós gróf történeti emlékrajzai; franciából ford. Toldy István; Emich, Pest, 1864
Gróf Bethlen Miklós önéletírása. Pest : Heckenast, 1858–1860 Online
Haldokló Erdély. 1662–1703. Cserei Mihály, Rozsnyai Dávid, Bethlen Miklós, Kornis Gáspár, Inczédi Pál és Misztótfalusi Kis Miklós írásaiból; bev. Makkai Sándor; Franklin, Bp., 1942 (Erdély öröksége)
Bethlen Miklós gróf Önéletírása; bev., sajtó alá rend. Tolnai Gábor; Ardói, Bp., 1943 (Magyar századok)
Önéletírás, 1-2.; bev. Tolnai Gábor, sajtó alá rend., jegyz. V. Windisch Éva; Szépirodalmi, Bp., 1955 (Magyar századok)
Bethlen Miklós önéletírása; vál., bev., jegyz. Bernád Ágoston; Kriterion, Bukarest, 1970 (Téka)
Kemény János és Bethlen Miklós művei; szöveggond., jegyz. V. Windisch Éva munkája, Szépirodalmi, Bp., 1980 (Magyar remekírók)
Dominique Révérend: Bethlen Miklós emlékiratai/ Mémoires historiques du Comte Betlem-Niklos, contenant l'histoire des derniers troubles de Transylvanie; utószó, jegyz. Köpeczy Béla, szöveggond., jegyz. Steinert Ágota, franciából ford. Toldy István; Helikon, Bp., 1984
Bethlen Miklós levelei, 1-2.; összegyűjt., sajtó alá rend., bev. Jankovics József, latin részek ford. Kulcsár Péter, jegyz. Nényei Gáborné; Akadémiai, Bp., 1987 (Régi magyar prózai emlékek)
Nicolae Bethlen: Descrierea vieţii sale de către el însuşi(Gróf Bethlen Miklós önéletírása); románra ford. Pap Ferenc, előszó Camil Mureşanu; Casa Cărţii de Ştiintă, Cluj-Napoca, 2004
The autobiography of Miklós Bethlen(Gróf Bethlen Miklós önéletírása); angolra ford. Bernard Adams; Bahrain–Kegan, London–New York, 2004
Olaj ágat viselő Noe galambja avagy a magyarországi és erdélyi gyuladásnak eloltására és tökéletes békesség megszerzésére készíttetett korsó viz (kéziratban maradt)
Jegyzetek
↑ abBnF-források (francia nyelven). (Hozzáférés: 2015. október 10.)
Deák Farkas: Gróf Bethlen Miklós életrajza; Stampfel, Pozsony–Bp., 1885 (Magyar Helikon)
Wutz Albert: Gróf Bethlen Miklós és önéletírása; Poldini Ny., Bp., 1891
Stuhlmann Patrik: Confessiones S. Augustini, Nicolai Bethlen et Francisci Rákóczy II.; Buschmann Ny., Bp., 1897
Páris Sándor: Gróf Bethlen Miklós élete; Gombos Ny., Kolozsvár, 1907
Szádeczky K. Lajos: Gróf Bethlen Miklós rabságában írt emlékiratai, imádságai. 1704–1714; Franklin Ny., Bp., 1923
Gyárfás Elemér: Bethlen Miklós kancellár. 1642–1716; Erzsébet Ny., Dicsőszentmárton, 1924
Angyal András: Ein siebenbürgischer Staatsmann und Schriftsteller der Barockzeit; Danubia, Bp.–Leipzig, 1943
Juhász István: Bethlen Miklós politikai pere; Erdélyi Magyar Tudományos Intézet, Kolozsvár, 1945
Hermán M. János: Bethlen Miklós életének és gondolkodásának evangéliumi vonásai; Királyhágómelléki Református Egyházkerület, Oradea, 2003
Tóth Zsombor: A koronatanú: Bethlen Miklós. Az Élete leírása magától és a XVII. századi puritanizmus; Kossuth Egyetemi, Debrecen, 2007 (Csokonai könyvtár)
Albert András: Gróf Bethlen Miklós, a református államférfi (1642–1716); Palatia, Győr, 2015
Bethlen Miklós válogatott bibliográfia; összeáll., bev. Tóth Zsombor; Reciti, Bp., 2016
Börtön, exilium és szenvedés. Bethlen Miklós élettörténetének kora újkori kontextusai; szerk. Fajt Anita, Szilágyi Emőke Rita, Tóth Zsombor; Reciti, Bp., 2017
Reformer vagy lázadó? Bethlen Miklós és kora; szerk. Horn Ildikó, Lacházi Gyula; L'Harmattan, Bp., 2020 (Humaniórák)
Simon József: Szégyen és semmi. Politikai pszichológia Bethlen Miklós filozófiájában; Typotex, Bp., 2022
Szépirodalmi feldolgozások
P. Szathmáry Károly: Bethlen Miklós. Regényes életrajz; Müller Ny., Pest, 1858
Illyés Géza: Bethlen Miklós; Erdélyi Református Egyházkerület Iratterjesztésének Kiadványa, s.l., 1930 (Ünnepnapok)