Il club è stato fondato nel 1996 con il nome di Al-Shabab Sports Club. Ha cambiato il suo nome in Al-Mu'aidar Sports Club nel 2004 per decisione del Comitato Olimpico del Qatar. La squadra ha giocato in Seconda Divisione fino al 2013.
La squadra ha raggiunto per la prima volta i play-off per la promozione nella stagione 1999-2000, contro il Qatar SC.[2]
Nel 2003 l'Al-Mu'aidar è diventata la prima squadra nella storia della seconda divisione a vincere la Coppa dello Sceicco Jassem, avendo sconfitto l'Al Wakrah per 2-1 in finale.
Seconda classificata nella Seconda Divisione nella stagione 2012 e in quella 2013, ha preso parte ai play-off contro Umm-Salal e Al-Arabi. Nel 2012 ha perso la prima partita contro l'Umm Salal per 0-1 ai supplementari e nel 2013 ha perso per 1-2 contro l'Al-Arabi dopo i tempi supplementari nel 2013.
Il presidente del club, Saleh Al-Aji, ha presentato un reclamo il 23 aprile seguente dato che, a suo dire, l'Al-Arabi aveva schierato il giocatore Baba Keita, che era squalificato, ma la Federazione calcistica del Qatar respinse il ricorso, affermando che le fonti apportate da Keita non avevano fondamento.[3][4]
Dal 2013: Qatar Stars League
Il 7 maggio 2013 fu annunciato che la Qatar Stars League sarebbe stata estesa a 14 squadre: ciò ha permesso all'Al-Mu'aidar di essere promosso per la prima volta in Qatar Stars League nonostante la sconfitta subita ai play-off.[5]
Per la prima esperienza in prima divisione, il club ha ingaggiato il tecnico Ladislas Lozano.[6]
^QSL confirms expansion move, su dohastadiumplusqatar.com, Doha Stadium Plus, 7 maggio 2013. URL consultato il 7 maggio 2013 (archiviato dall'url originale il 9 maggio 2013).
^Muaither have a new coach, in Qatar Stars League. URL consultato il 19 giugno 2013 (archiviato dall'url originale il 24 giugno 2013).