Nel 1545 andò a Roma presso lo zio patriarca Giulio Cesare Gonzaga affinché gli facesse intraprendere la carriera ecclesiastica.
Nel conclave del 1550 in cui venne eletto Papa Giulio III venne nominato segretario, ma nello stesso anno morì il parente vescovo e Alfonso si diede alla bella vita, tornando a Novellara.
Il 17 novembre 1567[1] sposò Vittoria di Capua (1548-1627) figlia di Giovanni Tommaso di Capua marchese della Torre di Francolise (? – 1562) e di Faustina Colonna, figlia di Don Camillo Colonna duca di Zagarolo.
Alla morte del fratello Francesco nel 1577 la vita di Alfonso venne in continuazione minacciata dal nipote Claudio, figlio naturale di Francesco, che vantava diritti sulla contea.
Provvide a edificare la chiesa di Santo Stefano e a Bagnolo nel 1588 un convento per i frati di san Francesco di Paola, soppresso nel 1768.
Giulio Cesare, divenne frate cappuccino “fra’ Francesco”;
Cornelia (1562 – 1612), sposò in prime nozze nel 1586 il marchese Giovan Tommaso Maffei della Mirandola (9 novembre 1550-1602)[8], poi il conte Camillo Seghizzi.
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