Inizia la sua carriera nelle giovanili del Nizza. Nel 2007, a soli 19 anni, debutta in prima squadra collezionando 20 presenze e una rete. L'anno seguente, confermato tra i professionisti, sigla due reti in 22 partite complessive.
Angers e Bordeaux
Nel 2009 passa in prestito all'Angers in Ligue 2. A fine anno saranno 20 le reti in 37 partite. Grazie a questa ottima stagione, Modeste attira le attenzioni di grandi club francesi ed inglesi. Nel 2010, per 3.5 milioni di euro, passa al Bordeaux firmando un contratto quadriennale. Complice il poco spazio e qualche infortunio, gioca al di sotto delle aspettative ed in 2 anni segna solo 13 reti in 52 partite giocate.
Bastia e Hoffenheim
Nel 2012 si trasferisce in prestito al Bastia, dove ottiene il suo riscatto e, in 36 partite sigla ben 15 goal. Attira nuovamente l'attenzione di grandi club e viene ceduto a titolo definitivo all'Hoffenheim, in Bundesliga, squadra in cui in due anni realizza 19 reti in 55 presenze.
Colonia e Tianjin Quanjian
Nel 2015 passa al Colonia, dove colleziona 45 gol tra campionato e coppa, attirando l'attenzione del club cinese Tianjin Quanjian, squadra allenata da Paulo Sousa, che formula un'offerta per il prestito con obbligo di riscatto fissato a 29 milioni di euro. Viene riscattato così il 1º luglio 2018.
Doppio ritorno al Colonia e Saint-Ètienne
L'esperienza in Cina non lo convince quindi decide di tornare al Colonia a parametro zero già nel novembre del 2018.[1]
Nella stagione 2018-2019 conquista la Zweite Bundesliga e di conseguenza la promozione nella divisione massima grazie anche a un suo grande apporto in zona offensiva.
Nel gennaio del 2021 si trasferisce a titolo temporaneo per metà stagione al Saint-Étienne, in cui totalizza 7 presenze in campionato.
Nella stagione 2021-2022 mette a segno 20 gol su 32 presenze in campionato guadagnando il quarto posto nella classifica marcatori[2], e conquista la qualificazione in UEFA Europa Conference League tramite il settimo posto.
Borussia Dortmund e Al-Ahly
L'8 agosto 2022 viene ufficializzato il suo trasferimento al Borussia Dortmund per sostituire il neo-acquisto Sébastien Haller a cui è stato diagnosticato un tumore ai testicoli.[3] Con i gialloneri esordisce per la prima volta anche in Champions League, il 6 settembre 2022, nella vittoria interna per 3-0 contro il Copenaghen. Il 12 settembre 2023 firma per gli egiziani dell'Al-Ahly.[4] Nel 2024, si laurea campione della CAF Champions League, battendo nel doppio incontro l'Espérance de Tunis.
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