Dal 1868 al 1900 la bandiera dello Stato era composta unicamente dallo stemma dello Stato su sfondo bianco. Il governatore dello Stato, Francis P. Fleming, suggerì di apporre una croce di Sant'Andrea. Ci furono polemiche in quanto il disegno della bandiera ricorda la bandiera degli stati confederati.
Bandiere storiche
Bandiera della Florida (13 gennaio 1861 - 12 settembre 1861)
Bandiera della Florida (13 settembre 1861 - 5 maggio 1868)