La carriera professionista di Bernard Casoni iniziò nel 1980 nel Cannes, squadra con la quale militerà fino al 1984, quando fu acquistato dal Toulon. La militanza nella squadra di Tolone durerà fino al 1990 (intervallata da un anno, tra il 1988 e il 1990 in cui giocherà nelle file del RC Paris), anno del suo trasferimento all'Olympique Marsiglia, squadra con cui vincerà tre campionati consecutivi tra il 1991 e il 1993 (quest'ultimo revocato a causa del coinvolgimento della squadra nell'Affare VA-OM) e la Champions League nel 1993. Casoni si ritirerà dal calcio giocato nel 1996 per passare alla carriera di allenatore