Il C-40A offre supporto logistico alla marina degli Stati Uniti. È dotato di un sistema computerizzato per la gestione del volo collegato al GPS. È dotato di sistemi RVSM e di Traffic Alert and Collision Avoidance System II per evitare la collisione con oggetti esterni. Ha un sistema di allarme, che si attiva a bassa altitudine per evitare incidenti.
La U.S. Navy Reserve, che opera tuttora con il C-40A, fu il primo acquirente[1][2]. Il Clipper fu adottato dalla U.S. Navy per rimpiazzare gli ormai obsoleti C-9B Skytrain II. Il C-40A è il primo nuovo velivolo logistico dopo 17 anni a prendere parte all'US Navy Reserve. Il C-40 rientra perfettamente nella media dei requisiti per il rispetto dell'ambiente e dell'inquinamento sonoro dell'intera flotta della marina degli Stati Uniti. Rispetto al C-9B Skytrain II ha consumi di carburante più bassi e oltre ad un'autonomia maggiore ha anche una maggiore capacità di carico. La fusoliera del Boeing 737-700 è progettata per operare in modalità passeggeri completa, riuscendo a trasportare fino a 121 passeggeri, ed anche in versione "combi" ovvero sia cargo che passeggeri, riuscendo così a trasportare 3 pallet di merci e 70 passeggeri. La Marina degli Stati Uniti ordinò 6 C-40A, i primi due vennero consegnati il 21 aprile 2001 nella base aerea presso Fort Worth. Il quinto e il sesto aeromobile vennero consegnati nell'Agosto del 2002 alla Naval Air Station Jacksonville in Florida. Un settimo velivolo venne consegnato il 22 novembre 2004[3], l'ottavo nel febbraio del 2005[4] ed un nono velivolo venne consegnato il 25 maggio 2006[1], consegnato alla Naval Air Station North Island in California.