La cronometro maschile Junior dei Campionati del mondo di ciclismo su strada 2003 si svolse l'8 ottobre 2003 con partenza ed arrivo a Hamilton, in Canada, su un percorso totale di 20,8 km. La medaglia d'oro fu vinta dal russo Michail Ignat'ev con il tempo di 27'01"88 alla media di 46,193 km/h, la argento dall'ucraino Dmytro Hrabovs'kyj e la bronzo dallo svedese Viktor Renäng.
Alla partenza erano presenti 62 ciclisti, dei quali tutti completarono la gara.