La cronometro maschile Elite dei Campionati europei di ciclismo su strada 2016, la prima della storia, si disputò il 15 settembre 2016 su un percorso di 45 km con partenza e arrivo a Plumelec, in Francia. La medaglia d'oro fu appannaggio dello spagnolo Jonathan Castroviejo, il quale completò il percorso con il tempo di 58'13", alla media di 46,894 km/h; l'argento andò invece al belga Victor Campenaerts e il bronzo all'italiano Moreno Moser.
Sul traguardo di Plumelec 38 ciclisti, su 39 partenti, portarono a termine la competizione.
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