Secondo Père Anselme, Carlo era nato nel 1434 circa ed era stato avviato ad una vita ecclesiastica, era canonico e consigliere dell'arcidiocesi di Lione[1], e, nel 1446, divenne arcivescovo di Lione, come risulta da alcuni documenti[1]; fu sotto tutela per diversi anni.
Carlo era già arcivescovo, quando suo padre, Carlo I, morì il 4 dicembre 1456 e fu tumulato nella chiesa del Priorato di Souvigny[7]. A Carlo I succedette suo fratello maggiore, Giovanni (1427-1488), come Giovanni II[7]. Carlo in quel periodo fu anche padrino del figlio di Luigi, erede del trono di Francia[1].
Carlo però seguì il fratello, Giovanni II quando si unì alla Lega del bene pubblico e quando il re di FranciaLuigi XI, invase i feudi del fratello, ritenendolo capo della rivolta[8], Carlo si trovò a combattere a fianco del fratello, comandando le truppe alla difesa di Moulins[9]. Dopo essersi riappacificato con Luigi XI, Carlo cercò di mettere pace tra il re ed il duca di Borgogna, Carlo il Temerario[1], di cui era cugino primo, mentre era cognato di Anna di Beaujeu, figlia di Luigi XI. Carlo fece da intermediario anche tra Luigi XI ed il duca di Bretagna, Francesco II[1].
Suo fratello, Giovanni II, che dal 1483 era anche connestabile di Francia[11], morì il primo aprile 1488, a Moulins, e fu tumulato nella chiesa del Priorato di Souvigny[11]. Non avendo Giovanni II discendenza legittima, ed essendo già morto il fratello maschio secondogenito, Filippo, a Giovanni II succedette Carlo, cardinale e arcivescovo di Lione[1]. Questa successione non fu gradita dalla cognata, Anna di Beaujeu, reggente del regno di Francia, che occupò alcuni territori e fece pressione affinché Carlo cedesse i titoli a Pietro, fratello di Carlo e marito di Anna[1]; fu raggiunta l'intesa che a Carlo spettava una pensione annua e che tenesse il Beaujolais e Pietro gli succedesse nei titoli come Pietro II[1]. La trattativa era appena conclusa che Carlo II di Borbone morì a Lione, in Francia, il 13 settembre 1488[1]. Come concordato gli succedette il fratello Pietro, come Pietro II[1].
Figli
Da un'amante, Gabriella Bartine, ebbe una figlia[12][13]:
Isabella, che fu legittimata dal re di Francia nel 1491 e che sposò Gilberto di Chantelot, signore di La Chaise (Monétay-sur-Allier)[1].