Nel 1905, in un periodo di grande instabilità politica in Paraguay, un gruppo di giovani arrivati ad Asunción su una nave chiamata Libertad (Libertà) condussero una trionfante rivoluzione per rovesciare il governo, che in quel tempo era in mano al "Partido Colorado". Il nome della nave fu motivo d'ispirazione per Juan Manuel Sosa Escalada, il quale, con l'aiuto di alcuni amici, decise di fondare un'associazione sportiva chiamata Club Libertad, il 30 luglio 1905.
Da quando vinse il suo primo campionato il Libertad fu spesso oscurato dalle due grandi squadre del Paraguay, il Club Olimpia e il Cerro Porteño, che da soli vinsero la maggior parte dei campionati. Ciò nonostante, il Libertad si è confermato la terza squadra paraguaiana per numero di trofei vinti, avendo conquistato finora 10 campionati, uno in più del Club Guaraní. Tra le due squadre c'è una notevole rivalità, poiché il Guarani è considerata la terza squadra del paese in termini di tifosi, mentre il Libertad è al terzo posto per quanto riguarda i titoli nazionali.
Il Libertad è sempre stato considerato un club di rilievo, tanto che la retrocessione in seconda divisione nel 1998 destò molto stupore. Due anni dopo la squadra riuscì a risalire in prima divisione vincendo il campionato, per merito anche della nuova gestione e del nuovo presidente. Nel 2002, nel 2003 e nel 2006 il Libertad conquistò tre titoli nazionali e raggiunse la semifinale nella Coppa Libertadores 2006.
Il Libertad dopo la semifinale conquistò altri 13 campionati paraguaiani, arrivando all'attuale somma di 24 campionati vinti.