Assieme alle sorelle Maddalena e Margherita fondò il Collegium Virginum di Hall, la cui costruzione venne avviata nel 1567 e completata due anni dopo. Margherita non poté vedere la fine dell'opera poiché morì il 12 marzo 1567. Le altre due arciduchesse entrarono nel 1568 con altre sei candidate nel nuovo convento, la cui guida fu assunta da Maddalena. Elena vi rimase fino alla morte, avvenuta a trentuno anni di età. È sepolta nella chiesa del monastero.