Fra i suoi studi di teoria generale del diritto penale figurano Bene giuridico e tutela dell'onore (1974), La misura di sicurezza detentiva (1978) e L'Illusione penalistica (2004). Nel 1984 è coautore, con Ettore Gallo, della monografia Delitti contro l'ordine costituzionale. Con Giovanni Fiandaca ha scritto un manuale di diritto penale. È membro dell'International Academy of Trial Lawyers e lo è stato della commissione per l'attuazione dello statuto istitutivo della Corte penale internazionale. Per diversi anni ha collaborato con l'ILANUD, l'istituto delle Nazioni Unite per le ricerche in materia criminale, che si trova in Costa Rica.
Come coordinatore del gruppo penalistico della Commissione ministeriale sulla riforma del diritto societario, ha contribuito alla stesura del D.Lgs. n. 61 del 14 aprile 2002, che ha modificato la disciplina dei reati societari.
È stato condirettore della Rivista italiana di diritto e procedura penale, della Rivista penale italiana, della Rivista Rassegna tributaria, della Rivista penale di lingua spagnola, nonché della collana di studi penalistici Itinerari di diritto penale e della collana Quaderni penali.
Opere
Manuali
Fiandaca G. - Musco E., Diritto penale: parte generale, VI ed., Zanichelli, Bologna, 2010
Fiandaca G. - Musco E., Diritto penale: parte speciale, Vol. I, IV ed., Zanichelli, Bologna, 2008
Fiandaca G. - Musco E., Diritto penale: parte speciale - I delitti contro la persona, Vol. I, Tomo I, III ed., Zanichelli, Bologna, 2011
Fiandaca G. - Musco E., Diritto penale: parte speciale - I delitti contro il patrimonio, Vol. I, Tomo II, V ed., Zanichelli, Bologna, 2008
Musco E. - Ardito F., Diritto penale tributario - con appendice di diritto processuale, Zanichelli, Bologna, 2010
Musco E. (a cura di), Diritto penale tributario, III ed., Milano, Giuffrè, 2002
Musco E., Diritto penale societario, Milano, Giuffrè, 1999
Musco E. (con la collaborazione di Maria Novella Masullo), I nuovi reati societari, III ed., Milano, Giuffrè, 2007
Mongorafie
Musco E., Bene giuridico e tutela dell'onore, Giuffrè, Milano, 1974
Gallo E.- Musco E., Delitti contro l'ordine costituzionale, Patron, Bologna, 1984
Musco E., La misura di sicurezza detentiva: profili storici e costituzionali, Milano, 1978
Musco E., La pena pecuniaria, Catania, 1982
Musco E., L'illusione penalistica, Giuffrè, Milano 2004
Articoli
La contestazione dei reati colposi, in Riv. it. dir. proc. pen., 1971
Le misure di sicurezza nel recente progetto di riforma del primo libro del codice penale: appunti critici e proposte alternative, in Jus, 1974
Bilanci “anomali” e false comunicazioni sociali: identificazione inevitabile?, in Giur. comm., 1981
Mafia e istituzioni, in scritti in memoria di G.Costa, Milano, 1982
Politica criminal en Europa, in Revista trimestral, 1982
Variazioni minime in tema di pericolosità presunta, in Riv. it. dir. proc. pen., 1982
L'aggiotaggio bancario davanti alla Corte costituzionale: una certezza ed un dubbio, in Riv. it. dir. proc. pen., 1983
Esiste ancora il reato di diffamazione?, Analisi di un clamoroso caso giudiziario, 1983
Quale statuto penale per gli operatori bancari?, in Studi in memoria di G. Delitala, 1984
Note critiche in tema di abuso di sovvenzioni in diritto penale, in Studi in onore di C. Sanfilippo, 1984
La riforma del sistema sanzionatorio, in Scritti in onore di G. Auletta, 1988
La premialità nel diritto penale, in L'indice pen., 1986
Attentati contro i diritti politici del cittadino, in Digesto disc. pen., 1987
Diritto penale e politica: conflitto, coesistenza o cooperazione?, in Nomos, 1989
Una questione penalistica in tema di illecito acquisto di azioni proprie, in Foro it., 1989
Massregeln der Besserung und Sicherung im strafrectlichen Rechtsfolgensystem Italiens, in ZStW, 1990
voce Stampa (reati di), in Enciclopedia del diritto, vol. XLIII, 1990
A proposito del diritto penale “comunque ridotto”, in Questione giust., 1991
La disciplina penale delle offerte pubbliche di titoli, in Riv. pen. econom., 1993
Omissione di soccorso, in Digesto disc.pen., 1994
Perdita di legittimazione del diritto penale?, in Riv. it. dir. proc. pen., 1994
Consenso e legislazione penale, in Studi in memoria di R. Dell'Andro, 1994
Le attuali proposte di riforma in tema di corruzione e concussione, in Revisione e riformulazione delle norme in tema di corruzione e concussione, Bari, 1996
Funzioni e limiti del sistema penale, in Riv. Guardia fin., 1996
Misure di sicurezza, in Enciclopedia del diritto (Aggiornamento), 1997
I collaboratori di giustizia tra pentitismo e calunnia: problemi e prospettive (conferenza all'Accademia dei Lincei), 1999
La tutela penale societaria e il falso in bilancio tra limiti normativi e ambiguità interpretative, in Controlli societari e governo dell'impresa, Torino, 1999
La riforma del diritto penale tributario, in Riv. Guardia fin., 1999