Kogoro viene ricoverato in ospedale in seguito ad una frattura alla gamba. Ogni notte Kogoro vede nell'edificio di fronte l'ombra di un uomo che pugnala una persona e ogni volta segnala l'accaduto alle autorità, ma non vi è mai traccia di un cadavere. Tutti iniziano a pensare che Kogoro sia in preda a un forte esaurimento nervoso e non credono più alle sue parole. Conan si insospettisce e decide di passare la notte in ospedale con Kogoro per verificare se dice la verità. Quella stessa sera l'episodio si ripete, ma anche Conan ha visto le ombre e si convince che Kogoro non sia un visionario. I due cercano di raggiungere l'altra ala dell'edificio, ma si separano per cercare il cadavere. Dopo qualche minuto, alcuni medici trovano Kogoro svenuto accanto al corpo esanime di un medico. Kogoro viene quindi accusato dell'omicidio. Conan riesce però a dimostrare l'innocenza di Kogoro.

Conan, Ran e Sonoko vanno a fare una gita in montagna. Qui incontrano una loro ex professoressa ed altri suoi amici. Durante questa breve vacanza, però, viene commesso un omicidio.

Avendo risolto il caso, ma non avendo il suo ago anestetico, Conan utilizza il mini-cellulare e, con la voce di Shinichi, fa risolvere il caso a Ran, pur essendo consapevole di quanto sarà doloroso per lei sentire la voce di Shinichi e la conclusione del caso.

Ran invita Conan ad assistere alla gara di karate che dovrà disputare. Gli amici di Conan gli mostrano una ricetrasmittente grazie alla quale scoprono che una bambina che abita nel quartiere è stata rapita. I ragazzi si mettono ad indagare. Ascoltando le conversazioni, i Detective Boys scoprono che il rapitore è un uomo la cui figlia è morta cadendo dal tetto. Colui a cui hanno rapito sua figlia era l'amministratore di condominio e per vendicarsi gli dice che se non si toglie la vita lui ucciderà sua figlia. Ma, per fortuna, Conan riesce a liberarla in tempo.

Ran, Conan e Kogoro si recano in gita al parco delle gru. Qui conoscono il responsabile della cura degli animali. Successivamente, però, l'uomo viene trovato morto. Il principale sospettato si dichiara colpevole, ma, in realtà, non è stato lui a commettere l'omicidio. È stato colui che si scopre essere suo fratello a commettere l'omicidio e a far credere al figlio della vittima di essere lui responsabile.

Kogoro, Ran e Conan vengono invitati in una villa il cui proprietario si veste e si comporta come un vampiro. L'uomo chiede a Kogoro di indagare su un caso di infedeltà coniugale. Durante la sera però viene trovato morto in una stanza isolata trafitto da un paletto simile a quelli utilizzati per eliminare i vampiri.

L'uomo è stato ucciso in una stanza chiusa dall'interno. Conan cerca di scoprire chi possa essere l'assassino e come ha fatto ad introdursi in quell'ala della villa senza lasciare tracce. Ad ucciderlo è stato uno degli scrittori che vive in villa che voleva vendicare la morte della sorella.

Un uomo muore improvvisamente per avvelenamento durante l'esibizione di un'artista floreale. Conan scopre che l'assistente dell'artista ha avvelenato il fiore sulla giacca dell'uomo e vuole utilizzare lo stesso metodo per eliminare la sua principale.

Kogoro viene ricoverato in ospedale dopo essere caduto dalle scale. I suoi compagni di stanza sono un anziano signore e un tipo scorbutico, che fa parte di una banda di rapinatori. I compagni del rapinatore ricattano il figlio dell'anziano affinché elimini l'altro paziente. Conan, osservando i gesti dell'uomo, riesce ad intuire l'accaduto e a risolvere la situazione.

Un uomo si rivolge all'agenzia di Kogoro per chiedergli di rintracciare Fox che lui stesso ha ingaggiato per farsi uccidere perché credeva di avere un male incurabile. Così l'uomo, Ran, Kogoro e Conan decidono di partecipare ad una gita in montagna per fare in modo che Fox si esponga. Uno degli uomini che partecipano alla camminata muore cadendo da un'altura.

Il gruppo giunge ad una baita ma qui una donna viene assassinata. Conan scopre che lei non è una vittima di Fox ma è stata uccisa dal suo compagno. Inoltre Conan riesce ad intuire che Fox è proprietario della baita e che il cliente di Kogoro voleva trovarlo per poterlo uccidere, vendicando così la morte della figlia. Conan riesce ad impedire un ulteriore omicidio.

Kogoro, Ran e Conan si trovano in una pensione in alta montagna. Qui conoscono un'attrice che interpreta "La regina delle nevi" in una serie TV e la sua controfigura. L'attrice viene trovata morta in mezzo alla neve. Tutto fa pensare a un suicidio, ma Conan indaga e scopre la verità.

Kogoro ha in programma di passare la serata con un suo vecchio amico ma, una volta arrivato all'appuntamento, questi rivela di non potersi trattenere a lungo. Kogoro prende la metro per tornare a casa e, durante il tragitto, si addormenta. Una volta sceso dalla metro Kogoro incontra una sua vecchia amica e decide di passare una serata in sua compagnia ma, quando la riaccompagna a casa, questa trova la sua coinquilina morta. Conan scopre che è stata l'amica di Kogoro ad uccidere la sua coinquilina e che ha usato Kogoro per crearsi un alibi.

Dopo aver tolto gli occhiali a Conan, Ran inizia ad avere dei sospetti sul fatto che possa essere Shinichi. Nel frattempo una donna si reca all'agenzia per chiedere a Kogoro di indagare sulla strana morte del marito, un noto mago, ritenuta un suicidio. I sospetti di Ran su Conan si consolidano quando Ran trova una foto che ritrae lei e Shinichi da bambini assieme al mago deceduto. Kogoro, Ran e Conan si recano nella villa della moglie della vittima per analizzare più da vicino l'ufficio in cui è stato trovato avvelenato. Nella villa, assieme alla signora, vivono altri tre apprendisti illusionisti, allievi del defunto marito. Conan comincia a perlustrare la scena del crimine e riesce a trovare un codice che cerca di decifrare mentre Ran lo osserva sempre più sospettosa.

Dopo aver risolto brillantemente il caso, Conan si trova faccia a faccia con Ran, che sta per far vuotare il sacco a Conan. Fortunatamente Conan viene salvato da Yukiko che convince Ran del fatto che Conan è un suo lontano parente e, dato che è appena tornata da Los Angeles, le dice che sarà lei a prendersi cura di Conan per un paio di giorni in modo da passare un po' di tempo con lui. Yukiko porta Conan a casa di una sua amica che le ha chiesto una mano per indagare circa la vera identità del presunto zio che, essendo appena rientrato da un viaggio, sembra essere un impostore che finge di essere lo zio soltanto per accaparrarsi una parte del testamento lasciato dal fratello defunto. Lo zio rivela a tutti i componenti della famiglia di avere ricevuto una lettera minatoria che lo intimidiva a non presentarsi alla lettura del testamento.

I membri della famiglia cominciano uno per uno a farsi il bagno alternandosi. Quando una di loro si reca alla caldaia per aggiungere della legna nota nel buio la figura di un uomo misterioso, attirando l'attenzione di tutti gli altri. Tutti notano che la corda del pozzo è in tensione e tirandola su scoprono il cadavere della matrigna dell'amica di Yukiko che è stata pugnalata al petto prima di essere gettata nel pozzo. La dinamica dell'incidente ricorda quella di una componente della famiglia il cui cadavere è stato ritrovato quindici anni prima nelle stesse circostanze. La macchina della vittima viene ritrovata in mezzo al bosco. Nel frattempo viene trovata l'arma del delitto dentro al pozzo e alla villa si presenta l'avvocato incaricato per la lettura del testamento. Mentre i familiari sono riuniti attorno al tavolo per ascoltare la lettura del testamento una freccia viene scoccata da un congegno ad orologeria e lo zio di famiglia la scansa per un soffio.

Conan risolve il caso e svela a tutti l'identità dell'assassino servendosi dell'ispettore Yamamura dopo averlo addormentato con l'orologio spara-sonniferi. A rilasciare ulteriori chiarimenti sul caso è l'uomo misterioso che era stato precedentemente avvistato in giardino da Conan, che si rivela essere Yusaku Kudo, il padre di Shinichi.

Un ricco industriale invita Kogoro ad una festa affinché scopra se una delle sue figlie ha intenzione di ucciderlo. Durante il banchetto l'uomo muore per un attacco cardiaco indotto da un farmaco. All'inizio i sospetti ricadono su una delle figlie, ma alla fine Conan scopre che è stato il suo medico ad ucciderlo.

Kogoro, Ran e Conan vengono invitati a cena da un famoso maestro di ceramica con i suoi allievi. Il giorno dopo, però, la responsabile della vendita delle opere viene trovata impiccata.

La polizia e Kogoro sono convinti che si tratti di suicidio, ma Conan la pensa diversamente. Infatti Conan riesce a dimostrare che ad averla uccisa è uno degli allievi del mastro di ceramica che era ricattato dalla vittima.

Ran e Sonoko, durante le pulizie a casa di Shinichi, si chiedono chi sia stato il suo primo amore. Proprio mentre parlano dell'argomento si presenta alla porta una ragazza che afferma di essere il suo primo amore. Non trovando Shinichi, decide di invitare Ran, Sonoko e Conan alla sua festa di compleanno. La festeggiata, però, si addormenta nel bel mezzo della cena e gli invitati decidono di lasciarla dormire ed avviarsi senza di lei ad un locale di karaoke. Nella villa scoppia un incendio.

Conan scopre che l'incendio è di natura dolosa e che a causarlo è stato uno degli amici della vittima che voleva rendersi valoroso agli occhi della ragazza, salvandola. Ran indaga sul passato della ragazza e scopre che quando Asami aveva confessato i suoi sentimenti a Shinichi, lui le aveva risposto che in realtà era innamorato di una ragazza che conosce da quando era piccolo.

Un attore invita Kogoro, Ran e Conan nella sua abitazione. Mentre si trovano sul balcone, vedono il cadavere della moglie dell'uomo cadere dal terrazzo del vicino di casa, un giovane attore con cui si pensava avesse una relazione.

La polizia arresta un giovane, ma Conan sa che l'assassino è suo marito e deve scoprire il trucco che ha usato per ingannare tutti.

Kogoro viene chiamato a casa di due fratelli per risolvere un mistero: alle 11:00 tutti gli orologi digitali dell'abitazione suonano, mentre alle 13:10 la statuetta di un demone esce dall'orologio a cucù.

Tutti cercano di risolvere il mistero, senza sapere che è stato architettato dal capo di una banda criminale.

Un uomo vince il premio di miglior fotografo per aver immortalato l'istante in cui si è verificato un incendio. La sera Conan riceve la chiamata di un uomo che dice di essere in pericolo. Poiché Kogoro è ubriaco, Conan si reca all'indirizzo e trova l'appartamento dell'uomo in fiamme. Nei dintorni è presente anche il premiato fotografo che scatta altre fotografie.