Federico entrò nella Marina austriaca nel 1837, all'età di 16 anni ed in marina svolse tutta la propria carriera successiva, contraddistinto da una grande passione personale nonché da notevoli capacità, ottenendo la propria prima missione all'estero nel 1839.
Secondo quanto emerso dalla convenzione, Regno Unito, Impero austriaco, Prussia e Russia si erano accordate per riconoscere a Muhammad Ali il governo ereditario dell'Egitto all'interno dell'Impero ottomano se questi avesse ritirato le proprie truppe dall'entroterra siriano e dalla costa del monte Libano. Muhammad Ali esitò sino a quando le forze inglesi non si mossero contro la Siria ed Alessandria.[1] Dopo che le navi inglesi ed austriache bloccarono il Delta del Nilo sino a Beirut (11 settembre 1840), e dopo che Acri si fu arresa (3 novembre 1840), Muhammad Ali si accordò per rispettare i termini della convenzione dal 27 novembre 1840.[2]
Dalla sua nave, Federico diresse l'assalto alle cittadelle di Sidone e Beirut che caddero poco dopo. Dopo il bombardamento di Acri il 3 novembre 1840, personalmente guidò una formazione dell'esercito della coalizione composto da austriaci, inglesi ed ottomani alla presa della cittadella di Acri dopo che la locale guarnigione egiziana l'aveva abbandonata. Per le sue capacità di comando nel corso di questa delicata operazione, al ritorno in patria ottenne la croce di cavaliere dell'Ordine militare di Maria Teresa, la più alta onorificenza militare austriaca imperiale.
Comandante in capo della marina austriaca
Nel 1842 Federico salpò alla volta dell'Algeria e poi dell'Inghilterra. Nel 1844 venne promosso al rango di viceammiraglio ed ottenne l'incarico di comandante in capo della marina militare austriaca, all'età di soli 23 anni. La sua nomina avvenne poco dopo che un gruppo di giovani ufficiali veneziani si era ammutinato sotto la guida dei fratelli Bandiera.
Come comandante in capo, Federico introdusse delle riforme reputate moderne per l'epoca, cercando di rendere la marina al servizio dell'Impero meno "veneziana" e più "austriaca". La marina austriaca, infatti, si era costituita solo negli ultimissimi anni del XVIII secolo a seguito dell'acquisizione del territorio di Venezia che per la prima volta consentì all'arciducato austriaco di poter disporre di uno sbocco sul mare. La marina veneziana, da poco soppressa, divenne quindi la prima base della neonata marina militare austriaca, per quanto essa portasse il nome di "Marina austriaca" e battesse bandiera imperiale.
Federico era ben conscio che la marina austriaca, all'interno delle forze armate imperiali costituiva un apparato secondario, ma intuì da subito la forza internazionale che essa poteva avere nel definire la monarchia asburgica nel gioco militare internazionale, in un'epoca dove il Mediterraneo riprese ad essere un territorio particolarmente caldo nelle questioni internazionali. Seguendo l'esempio di promozione iniziato proprio da Federico, altri due arciduchi in seguito diventeranno membri della marina austriaca e suoi forti promotori: Ferdinando Massimiliano e Francesco Ferdinando.
La scadenza di Federico dall'incarico di Comandante in Capo della Marina imperiale austriaca fu abbreviata in quanto l'arciduca morì di ittero a Venezia all'età di 26 anni, solo tre anni dopo aver assunto l'incarico e a pochi mesi di distanza dalla morte di suo padre. Il suo cuore fu sepolto presso l'Arsenale di Venezia, nella chiesa di San Biagio, detta "dei marinai" in un'urna posta nella parete di sinistra nel presbiterio; il corpo riposa nella chiesa gran priorale dell'Ordine di Malta. Non si sposò mai e non ebbe figli. In suo onore vennero nominate le navi SMS Erzherzog Friedrich e SMS Erzherzog Friedrich (1902).