La gara di ritorno si disputò dopo due settimane allo stadio di Parc Lescure di Bordeaux e fu arbitrata dal bielorusso Vadzim Žuk. La partita terminò 1-3 e ad aggiudicarsi il trofeo fu la squadra tedesca.
Il Bayern Monaco di Franz Beckenbauer (subentrato in aprile a Otto Rehhagel) esordì contro i russi della Lokomotiv Mosca perdendo inaspettatamente in casa l'andata per 1-0, tuttavia superarono il turno con un risultato complessivo di 5-1. Nel secondo turno i tedeschi affrontarono gli scozzesi del Raith Rovers, sconfitti col risultato aggregato di 4-1. Agli ottavi di finale i portoghesi del Benfica furono battuti sia all'andata che al ritorno rispettivamente coi risultati di 4-1 e 3-1. Ai quarti i Bavaresi affrontarono gli inglesi del Nottingham Forest vincendo 2-1 l'andata in casa e dilagando 5-1 in Inghilterra. In semifinale la gara con gli spagnoli del Barcellona fu una finale anticipata e vide l'andata in Germania concludersi sul 2-2 e il ritorno in Spagna vide vincitori i teutonici per 2-1.
Il Bordeaux di Gernot Rohr iniziò il cammino europeo a partire dal turno preliminare in quanto vincitore dell'Intertoto, eliminando con un 4-2 totale i tedeschi del Karlsruhe. Successivamente i macedoni del Vardar furono eliminati con un 3-1 tra andata e ritorno. Nel secondo turno i francesi affrontarono i russi del Rotor, battendoli 2-1 in casa e 1-0 in trasferta. Agli ottavi gli spagnoli del Betis furono sconfitti in casa 2-0, che rese di fatto inutile la vittoria per 2-1 a Siviglia. Ai quarti di finale le Girondins eliminarono gli italiani del Milan grazie a un'incredibile rimonta per 3-0 in Francia, dopo essere stati sconfitti per 2-0 a Milano. In semifinale i cechi dello Slavia Praga furono sconfitti sia all'andata che al ritorno col risultato di 1-0.
Le partite
A Monaco di Baviera va in scena la finale d'andata tra il Bayern, che stabilisce il nuovo record di sette vittorie consecutive in trasferta, e il Bordeaux, privo degli squalificati Christophe Dugarry e Zinédine Zidane. I padroni di casa sono ovviamente i favoriti per la vittoria finale e non deludono le aspettative dei tifosi, portando a casa il bottino grazie alla rete di testa di Thomas Helmer nel primo tempo e al sigillo di Mehmet Scholl nella ripresa.
Due settimane più tardi, a Bordeaux, le squadre si riaffrontano e nonostante le sortite offensive dei bavaresi il primo tempo si conclude sullo 0-0. Nella seconda frazione c'è il festival del gol: Scholl chiude virtualmente i conti al minuto 53, prima del raddoppio dopo un quarto d'ora di Emil Kostadinov. Per i francesi il gol della bandiera è firmato da Daniel Dutuel, esattamente due minuti prima che Jürgen Klinsmann (capocannoniere dell'edizione con 15 reti) chiudesse definitivamente i giochi e regalasse ai suoi la prima Coppa UEFA. Il Bayern diventa così la prima squadra tedesca ad aver trionfato in tutte le competizioni UEFA stagionali, nonché la terza squadra dopo Juventus e Ajax.[1]
