Nel 1998 il Lahti vinse l'Ykkönen e fu promosso in Veikkausliiga, la massima serie del campionato finlandese di calcio[1][2]. Nel 2002 raggiunse la finale di Coppa di Finlandia, venendo sconfitto per 4-1 dall'Haka[1][2]. Nel 2004 Jari Litmanen è ritorna in Finlandia per vestire la maglia del Lahti, squadra nata dalla sua vecchia squadra, il Lahden Reipas, dove viene osannato e il suo ritorno definito "Il ritorno del re"[3]. Grazie anche al ritorno di Litmanen alla finale di Liigacup, vinta dall'Allianssi ai rigori sul Lahti, assistono circa 12 850 spettatori[1][3].
Dopo aver perso anche la finale del 2005 sempre contro l'Alliansi, il Lahti nel 2007 ha vinto il primo trofeo della sua storia, la Coppa di Lega finlandese, sconfiggendo l'Inter Turku ai tiri di rigore[1][3]. La vittoria della Coppa di Lega consentì al Lahti di partecipare alla UEFA Europa League 2009-2010: dopo aver superato i primi due turni ai danni di Dinamo Tirana e Gorica, il cammino del Lahti si interruppe al terzo turno contro il Club Brugge[1][4]. Nella stagione 2010 il Lahti retrocesse in Ykkönen per la prima volta, terminando il campionato al quattordicesimo ed ultimo posto[1][4], per poi tornare in massima serie dopo un solo anno.
Il Lahti tornò a vincere la Coppa di Lega nel 2013 vincendo la finale per 2-1 sul JJK[5]. Il terzo posto conquistato al termine della Veikkausliiga 2014 permise al Lahti di tornare a competere in UEFA Europa League per l'edizione 2015-2016, senza però riuscire a superare il primo turno, venendo eliminato dall'Elfsborg. Nel 2016 ha conquistato la sua terza coppa sconfiggendo l'SJK ai rigori. Prende parte alle qualificazioni di UEFA Europa League 2018-2019, ma venendo eliminati al primo turno dall'Hafnarfjörður, perdendo per 3-0 all'andata e pareggiando 0-0 in Islanda. Ha chiuso la Veikkausliiga 2018 all'ottavo posto con 40 punti.
