Il club viene fondato il 14 gennaio 1913 da Cirillo Lacin; nel 1926 arrivano i primi successi, tra cui il titolo di campione dei dilettanti della Cecoslovacchia.
Nel 1960 partecipa alla Coppa delle Coppe, ma il maggior successo arriva nella stagione 1978-1979, quando, sotto la guida di Josef Masopust, il club ha vince per la prima e unica volta il campionato cecoslovacco.
Dopo una serie di successi, nel 1983 il club entra in un periodo di crisi, culminata con la retrocessione in seconda divisione. Solamente dopo sei stagioni il club ritorna in massima serie. Dopo due anni in massima serie, il club retrocede di nuovo in seconda divisione.
Nel 1991 il club viene acquistato dall'imprenditore Lubomir, che rinomina la società in FC Boby Brno.
Dalla metà degli anni '90 la squadra si risolleva e nel 1994-1995 raggiunge il terzo posto nella 2. liga ceca e dunque la promozione nella massima divisione nazionale. Lubomir mette a disposizione fondi che permettono al club di acquistare Viliam Vidumský, Jan Marosi e Lubos Pribyl; in questo periodo la squadra partecipa anche alla Coppa Intertoto.
Nel 2002 la squadra viene ribattezzata con il nome 1.Fc Brno e nel 2010 assume il nome attuale.