Fondato nel 1907, il club ha giocato per la maggior parte della sua storia in ambito locale, nonostante le tre stagioni nella Bezirksliga Bayern, dal 1930 al 1933, e due apparizioni nella Gauliga Bayern (1940-41, 1942-43), una delle sedici divisioni stabilite nella riorganizzazione del calcio tedesco sotto il Terzo Reich. Tra il 1943 ed il 1945 formò con il Würzburg, Victoria Würzburg e SV Würzburg 09 il Kriegsspielgemeinschaft Würzburg.[1]
Dopo la seconda guerra mondiale il club partecipa alla Landesliga Bayern, in seguito ottiene ottime prestazioni negli anni cinquanta nell'Amateurliga Bayern. Tra gli anni sessanta e i primi anni ottanta il club ha giocato nella terza divisione, eccezion fatta per una sola stagione: la 2. Bundesliga 1977-1978, dopo la vittoria del titolo divisionale nella Bayernliga nel '77. Nel 1983 le difficoltà finanziarie hanno contribuito a una retrocessione in quarta divisione nel Landesliga Bayern-Nord.
Nella stagione 1998-99 il club ha incontrato per la prima volta in un campionato la rivale locale, il Würzburger FV, in quello che fu il derby di Würzburg.
Due stagioni difficili dal 2002 al 2004 hanno visto il club scendere in Bezirksoberliga Unterfranken e successivamente in Bezirksliga Unterfranken. Negli anni successivi risalì fino alla Oberliga Bayern grazie a un 2º posto nella Landesliga 2007-08.
La stagione 2008-09 si è conclusa con la retrocessione alla Landesliga. Il club rimase in Landesliga fino alla vittoria del campionato nella stagione 2011/2012. La squadra è stata una delle due squadre in campionato che richiese una licenza nel nuovo livello della Regionalliga Bayern. Prendendo parte alla promozione play off, i Kickers hanno guadagnato il primo turno e hanno sconfitto l'aC Aichach nel secondo, per poi giocare nella Regionalliga a partire dal 2012.[2]
I Kickers hanno vinto la coppa bavarese 2013-14 ai rigori nella finale contro il SV Schalding-Heining, qualificandosi quindi per il primo turno della DFB-Pokal 2014-2015. In campionato il club finì decimo nel 2013 e undicesimo nel 2014.[3] Nella Coppa di Germania 2014-15 i Kickers eliminarono al primo turno il Fortuna Düsseldorf, ma vennero sconfitti dall'Eintracht Braunschweig nel secondo. Nel 2014-15 stagione, vincono la Regionalliga Bayern e guadagnano il diritto di partecipare ai play-off per la promozione in 3. Liga. Hanno affrontato 1. FC Saarbrücken, del Regionalliga Südwest, e vinto 1-0 in trasferta, ma perso 1-0 in casa. Ai rigori i Kickers hanno vinto 6-5 e sono stati promossi nella terza lega.
Nel mese di marzo 2016, i fan del club hanno protestato contro una potenziale fusione con la rivale locale Würzburger FV. Il club ha chiesto al sindaco di Würzburg di evitare fusioni e di cooperare con un certo numero di club locali, al fine di ricevere il sostegno della città.[4] I Kickers finirono la stagione inaugurale di 3. Liga al terzo posto, in tal modo si sono qualificati per la promozione play-off e la DFB-Pokal 2016-2017.[5] Il club si assicura la promozione in 2. Bundesliga per la prima volta in quasi 40 anni, vincendo 4-1 contro il Duisburg.[6] Il club chiude al secondo posto la 3. Liga 2019-2020 assicurandosi un posto in 2. Bundesliga per la terza volta nella sua storia. La stagione in serie cadetta su rivela un calvario fin dalle prime battute: si succedono quattro allenatori, le vittorie arrivano col contagocce (i Kickers devono attendere addirittura l’ottava giornata per il primo hurrà) e, inevitabile, la retrocessione viene sancita l’8 maggio dalla sconfitta interna per 1-3 contro l’Osnabrück. Curiosamente, tutte le vittorie esterne dei Kickers durante questa stagione sono state ottenute in Bassa Sassonia (Hannover, Braunschweig e Osnabrück).
Cronistoria
Cronistoria del F.C. Würzburger Kickers
1907 - Fondazione del Fußball-Club Würzburger Kickers e. V.
1911-1912 -
1912-1913 - 6° in Ostkreisliga
1913-1914 - 7° in Ostkreisliga
1914-1915 -
1915-1916 -
1916-1917 - Semifinale del campionato Ostkreis
1917-1918 -
1918-1919 -
1919-1920 -
1920-1921 -
1921-1922 -
1922-1923 -
1923-1924 -
1924-1925 -
1925-1926 -
1926-1927 -
1927-1928 -
1928-1929 -
1929-1930 -
1930-1931 - 7° in Bezirksliga Bayern, gruppo nord
1931-1932 - 6° in Bezirksliga Bayern, gruppo nord
1932-1933 - 9° in Bezirksliga Bayern, gruppo nord
1933-1934 -
1934-1935 -
1935-1936 -
1936-1937 - in Bezirksliga, 4º nel girone di qualificazione
1937-1938 - in Bezirksliga, 2º nel girone di qualificazione, gruppo nord
1938-1939 -
1939-1940 - in Bezirksliga, 1º nel girone di qualificazione, gruppo nord. Promosso in Gauliga
1940-1941 - 12° in Gauliga Baviera. Retrocesso in Bezirksliga
1941-1942 - in Bezirksliga, partecipa al girone di qualificazione, gruppo nord. Promosso in Gauliga
1942-1943 - 7° in Gauliga Baviera del nord
1943-1944 - 10° in Gauliga Baviera del nord
1944-1945 -
1945-1946 -
1946-1947 -
1947-1948 -
1948-1949 -
1949-1950 - 1° in II. Unterfränkische Amateurliga. Promosso in Bayernliga
1950-1951 - 6° in Bayernliga
1951-1952 - 4° in Bayernliga
1952-1953 - 3° in Bayernliga
1953-1954 - 9° in Bayernliga Nord
1954-1955 - 2° in Bayernliga Nord
1955-1956 - 11° in Bayernliga Nord
1956-1957 - 7° in Bayernliga Nord
1957-1958 - 6° in Bayernliga Nord
1958-1959 - 6° in Bayernliga Nord
1959-1960 - 2° in Bayernliga Nord
1960-1961 - 4° in Bayernliga Nord
1961-1962 - 7° in Bayernliga Nord
1962-1963 - 3° in Bayernliga Nord
1963-1964 - 12° in Bayernliga
1964-1965 - 4° in Bayernliga
1965-1966 - 3° in Bayernliga
1966-1967 - 12° in Bayernliga
1967-1968 - 10° in Bayernliga
1968-1969 - 12° in Bayernliga
1969-1970 - 11° in Bayernliga
1970-1971 - 6° in Bayernliga
1971-1972 - 5° in Bayernliga
1972-1973 - 15° in Bayernliga
1973-1974 - 8° in Bayernliga
1974-1975 - 6° in Bayernliga
1975-1976 - 3° in Bayernliga
1976-1977 - 1° in Bayernliga. Promosso in 2. Bundesliga
2021-2022 - 18° in 3. Liga. Retrocesso in Regionalliga
2022-2023 - 2° in Regionalliga Bayern
2023-2024 - in Regionalliga Bayern
2024-2025 -
Strutture
Stadio
Prima del 1967 il club utilizzò lo stadio Randersacker Straße, da quell'anno si trasferì nella Kickers-Stadion am Dallenberg, che ha una capacità di 10.004 posti a sedere. L'impianto è stato ristrutturato nel 2005.