Giovanni era il figlio maggiore di Nicola II di Werle.
Alla morte del padre, nel 1316, egli si accordò con lo zio Giovanni II di Werle per suddividere la signoria, che era appena stata unificata dal padre. Lui prese la parte detta Werle-Goldberg e suo zio Giovanni II prese la parte Werle-Güstrow. [1]
Nel 1326 Giovanni diede appoggio, insieme a Enrico II di Meclemburgo, il re Cristoforo II di Danimarca che era stato spodestato da una ribellione dei magnati danesi. In cambio di questo appoggio Cristoforo promise ai signori di Meclemburgo e Werle il feudo di Rügen, il cui signore, Vitslav III di Rügen, era morto senza eredi nel 1325. Tuttavia Cristoforo non poté mantenere tale promessa in quanto la guerra di successione scatenatasi per il controllo del principato di Rugia fu vinta dal ducato di Pomerania. Nel successivo trattato di pace, firmato a Brudersdorf, il 27 giugno 1328, fra il duca Barnim III di Pomerania-Stettino, Enrico II di Meclemburgo, e Giovanni III di Werle, venne sancita la rinuncia dei signori di Meclemburgo e Werle ai propri diritti sul principato di Rügen.[2]
A partire dal 1350 Giovanni lasciò l'attività di governo a suo figlio Nicola IV. Le fonti storiche dicono che era malato gravemente dal 1º aprile 1352. Egli poi morì più tardi, il 28 agosto 1352. Probabilmente fu sepolto nell'abbazia di Malchow.[3]
Giovanni si sposò nel 1317 con Mechtild, figlia del duca Ottone I di Pomerania[4] da cui ebbe tre figli:[5]