Nel 1767 pubblicò un libro intitolato Die bequem und höchstvortheilhafte Waschmaschine in cui appaiono i disegni di un modello primitivo di lavatrice. Nonostante il fatto che la sua macchina fosse rudimentale è considerato l'inventore della lavatrice.[1] Uomo estremamente creativo, si dedicò anche allo studio della pasta di legno per poter produrre carta anche utilizzando altre piante fra cui il pioppo.[2]
Nel 1779 fu nominato pastore e soprintendente all'Università di Ratisbona dove trascorse il resto della sua vita. Schäffer era un uomo di molteplici interessi, sia nel campo teologico che in quello naturalistico.
1762-1774: "Fungorum qui in Bavaria et Palatinatu circa Ratisbonam nascuntur Icones nativis coloribus expressae", 4 volumi con 328 tavole a colori.
1759: "Erleichterte Artzney-Kräuterwissenschaft", manuale di botanica e sugli effetti delle piante medicinali
1774: "Elementa Ornitologica", in cui propose un sistema di classificazione degli uccelli basato sulla struttura delle loro zampe.
1779: "Icones insectorum circa Ratisbonam indigenorum coloribus naturam referentibus expressae", comprendente 280 tavole incise su rame e dipinte a mano, illustranti circa 3.000 insetti.
^ Giuseppe Maria Pugno, Trattato di cultura generale nel campo della stampa: La tipografia nel periodo eroico, Società Editrice Internazionale, 1965, p. 23.