McCarthy si distingueva per le sue conoscenze di logica matematica in relazione all'Intelligenza Artificiale. Una scuola di pensiero diversa, nata al MIT, propone l'"inclusione procedurale del sapere" usando piani di alto livello, asserzioni, e ponendo il primo traguardo nel linguaggio Planner ed in seguito nella Scientific Community Metaphor. La controversia che ne risultò è ancora attuale ed oggetto di ricerca.
McCarthy inventò il linguaggio di programmazione Lisp e pubblicò i suoi progetti sul Communications of the ACM nel 1960. Motivò inoltre la creazione del Progetto MAC al MIT, ma lasciò tale università preferendo Stanford University nel 1962. Lì creò il Laboratorio di Intelligenza Artificiale, che fu per molti anni amico-rivale del Progetto MAC.
Nel 1961, fu il primo a dire (in un discorso fatto durante le celebrazioni del centenario del MIT) che il metodo time-sharing (condivisione a tempo) dei computer avrebbe potuto condurre a un futuro dove la potenza dei calcolatori ed anche specifiche applicazioni avrebbero potuto essere vendute secondo il modello economico dell'utilità (come già succede per l'acqua ed elettricità). Quest'idea era molto popolare alla fine degli anni sessanta, ma scomparì intorno alla metà degli anni settanta, quando divenne chiaro che l'hardware, il software e le telecomunicazioni del tempo non erano pronte. Ad ogni modo, a partire dal 2000, l'idea è tornata in superficie in nuove forme.
John McCarthy commentava spesso la politica internazionale su vari forum da una prospettiva di destra. Alcune sue idee si trovano sulla sua pagina web, che è "mirata a mostrare che il progresso materiale umano è desiderabile e sostenibile".
(EN) Homepage di John McCarthy a Stanford, su www-formal.stanford.edu. URL consultato il 31 agosto 2005 (archiviato dall'url originale l'11 ottobre 2013).
