Philips nacque a Marden, piccolo villaggio del Wiltshire; il padre era un militare gallese, mentre la madre era la sorella di William Smith, considerato il padre della geologiabritannica. Rimasto orfano, fu allevato dallo zio, di cui seguì le impronte.
Nel 1824 giunse, al seguito dello zio, a York, e qui accettò l'incarico di curatore della collezione geologica del locale museo. Due anni dopo fu messo a capo dello Yorkshire Museum.
Nel 1855 quale Conservatore[1] dell'Ashmolean Museum e poi professore di geologia e curatore del nuovo Museo dell'Università in Parks Road riorganizza le collezioni scientifiche. Non perde tempo a trasferire tutti gli esemplari naturali storici della collezione di John Tradescant dall'Ashmolean al Museo dell'Università. Dieci anni dopo, nel 1866, trasferì poi la maggior parte dei reperti etnografici al Pitt Rivers Museum, appena inaugurato. Nello stesso tempo libri, manoscritti, monete e medaglie furono trasferiti alla Biblioteca Bodleiana. In tal modo ben poco rimase dell'originale Musaeum Ashmoleanum se non una miscellanea di curiosità della Tradescant Ark.[2]
Morì il 24 aprile del 1874, dopo essere caduto dalle scale dell'All Souls College il giorno prima.
Opere
Illustrations of the Geology of Yorkshire (2 parti, 1829 e 1836; 2ª ed. della parte prima: 1835; 3ª ed., a cura di R. Etheridge, 1875)
A Treatise on Geology (1837–1839)
Memoirs of William Smith (1844)
The Rivers, Mountains and Sea-Coast of Yorkshire (1853)
Manual of Geology, Practical and Theoretical (1855)
Life on the Earth: its Origin and Succession (1860)
Vesuvius (1869)
Geology of Oxford and the Valley of the Thames (1871)