Morì nell'aprile del 1945 nel campo di concentramento di Bergen-Belsen, in Germania, dove era stato deportato a causa del suo atteggiamento ostile nei confronti della politica di Hitler e del Führer stesso. Durante la prigionia scrisse Básně z koncentračního tabora, una raccolta di poesie, pubblicata postuma nel 1946 (edizione italiana: Poesie dal campo di concentramento, a cura di Lara Fortunato, Miraggi Edizioni 2019).
Curiosità
A Josef e suo fratello Karel è dedicato il nome della rivista a fumetti Čapek, fondata nel 2018 da Marcello Baraghini e altre realtà dell'editoria indipendente italiana, vincitrice nel 2020 del premio Beani a Lucca Comics[1][2][3][4] come miglior iniziativa culturale.