Ha ricoperto vari incarichi sotto l'amministrazione Giuliani, fra cui quello di vice sindaco. Dal 9 gennaio al 31 dicembre 2012 è stato presidente e amministratore delegato della Metropolitan Transportation Authority di New York, nominato dal governatore di New YorkAndrew Cuomo e confermato all'unanimità dal Senato dello Stato di New York.[1]
Prima di entrare nella MTA, Lhota era un dirigente della società Madison Square Garden, Inc., ed è stato Assessore per le operazioni di New York sotto Rudolph Giuliani.[1] Lhota è stato anche direttore del bilancio e commissario della finanza della città di New York, ed era un membro del consiglio della MTA.[1]
