Autore prolifico (scrisse infatti oltre 300 brani fra marce, polche e valzer), sovrappose l'attività di compositore alla direzione di bandemilitari cui dedicò gran parte della propria vita. Per la destinazione militare di gran parte delle sue opere è a volte noto come il Sousa boemo.
Nel 1897 rientrò nell'esercito come capobanda dell'86º reggimento di fanteria con base a Sarajevo. Poco dopo compose quello che sarebbe diventato il suo brano più celebre, l'Entrata dei gladiatori (Vjezd gladiátorů o Einzug der Gladiatoren). A dispetto del titolo solenne, concepito da Fučík in omaggio alla sua passione per la storia romana, questa marcia è universalmente nota per il suo impiego nei circhi equestri, in cui sottolinea l'entrata in scena dei clown. Ciò anche grazie alla versione Thunder and Blazes che ne trasse di lì a poco il canadeseLouis-Phillipe Laurendeau.
Nel 1900, il complesso bandistico diretto da Fučík fu trasferito a Budapest, dove il maestro incontrò la disponibilità di nove bande militari per l'esecuzione delle sue opere, ma trovò anche maggiore competizione per poter mettersi in evidenza. Grazie al più ampio organico disponibile, Fučík si mise a sperimentare la trascrizione di brani per orchestra.
Nel 1909 tornò di nuovo in Boemia e divenne direttore di banda del 92º reggimento di fanteria a Terezín. Questo complesso era considerato all'epoca uno dei migliori dell'impero, e Fučík lo condusse in tournée dando concerti a Praga e Berlino davanti a un pubblico di oltre 10.000 persone.
Dopo essersi sposato e stabilito a Berlino nel 1913, Fučík fondò una propria banda, la Prager Tonkünstler-Orchester, e una casa editrice di musica, l'Apollo Verlag, per distribuire le proprie opere. Allo scoppio della prima guerra mondiale, però, le sue fortune iniziarono a declinare. Nelle privazioni del conflitto gli affari andarono male e la stessa salute del maestro ne risentì.
Julius Fučík morì presso Berlino a soli 44 anni. Fu sepolto a Praga.
Opere
Le marce composte da Fučík vengono ancora eseguite, nell'odierna Repubblica Ceca, come musica di carattere patriottico. La fama mondiale, invece, si lega soprattutto alla citata marcia op. 68 Entrata dei gladiatori: si tratta però di una fama relativa poiché, nonostante la popolarità della melodia, il titolo e l'autore sono generalmente dimenticati. Altra composizione di un certo interesse, spesso eseguita e incisa dalle orchestre di fiati, è la Marcia fiorentina (Florentinský pochod), composta come grande marcia per un'opera rimasta incompiuta.