Nato a Tokyo, nel corso della sua giovinezza Fukada è stato influenzato dal padre, grande appassionato di cinema, divorando tonnellate di VHS. All'età di 19 anni, mentre era ancora studente alla Taisho University, Fukada scoprì la Film School of Tokyo e cominciò così a prendere lezioni serali di regia. Uno dei suoi maestri è stato Kiyoshi Kurosawa. Ha prodotto il suo primo lungometraggio, The Chair, nel 2002. Si è unito alla compagnia teatrale Seinendan, capeggiata da Oriza Hirata nel 2005, e ha spesso sfruttato i lavori e gli attori di quella compagnia per i suoi film per il cinema[1]. Nel 2016 ottiene il prestigioso riconoscimento del Premio della Giuria nella sezione Un certain regard al Festival di Cannes per il film Harmonium (Fuchi ni tatsu)[2].