La Liechtensteiner-Cup 1999-2000 è stata la 55ª edizione della coppa nazionale del Liechtenstein conclusa con la vittoria finale del Vaduz, al suo ventinovesimo titolo e terzo consecutivo.
Alla competizione, che si svolse ad eliminazione diretta con partita unica, parteciparono le sette squadre del principato che potevano iscrivere anche più di un team.
Ottavi di finale
Gli incontri si giocarono il 19 e il 20 ottobre 1999. Il FC Vaduz venne direttamente ammesso ai quarti.
Quarti di finale
Gli incontri si giocarono tra il 9 novembre 1999 e il 5 aprile 2000.
Semifinale
Gli incontri si giocarono l'11 e 12 aprile 2000.
Finale
Vaduz | Vaduz | 6 – 0 | FC Balzers | Rheinpark Stadion |
| Polverino 7’ Hasler 43’ 79’ Hafner 72’ Telser 75’ Slekys 85’ | Marcatori | |
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