Lisandro Magallán inizia la sua carriera nel 2010, esattamente l'8 agosto, quando debutta in prima squadra in occasione del match di campionato con il San Lorenzo.[3] Il 18 aprile 2011 rimedia la sua prima ammonizione in carriera, durante la partita con il River Plate.[4] A causa di una doppia ammonizione, il 22 aprile 2012 ottiene un'espulsione, la prima in carriera, durante il match con il Guillermo Brown.[5]
Il 3 settembre 2020 l'Ajax lo cede in prestito con diritto di riscatto al Crotone.[6][7] L'esordio nel campionato italiano avviene il 20 settembre successivo, nella partita in casa del Genoa, persa per 4-1. Il 24 aprile 2021 trova il suo primo gol italiano, nella vittoria per 4-3 sul campo del Parma.[8] Sette giorni dopo una sua sfortunata e decisiva deviazione nella partita casalinga contro l'Inter del 1º maggio 2021 consegna di fatto lo Scudetto ai nerazzurri.
Rientrato all’Ajax dopo la retrocessione dei calabresi, il 7 agosto gioca gli ultimi minuti della Supercoppa dei Paesi Bassi 2021 persa contro il PSV. Il 31 agosto seguente viene ceduto in prestito all'Anderlecht.[9][10]
Concluso il prestito in Belgio, fa ritorno nei Paesi Bassi all'Ajax, tuttavia dopo appena due presenze in campionato, il 5 gennaio 2023, rescinde il contratto.[11] Nello stesso giorno, viene annunciato il suo ingaggio da parte dell'Elche.[12]
Il 1º luglio 2023 viene acquistato dai messicani del Pumas UNAM.[13]
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