La famiglia di Bernegger era di religione protestante, per questo motivo venne espulsa dall'Austria degli Asburgo durante la Controriforma. Si stabilirono a Ratisbona, dove Bernegger frequentò anche il ginnasio. Nel 1599, iniziò gli studi a Strasburgo, studiando. principalmente filologia e scienze naturali. Era molto interessato all'astronomia infatti ebbe come amici i più noti astronomi del tempo: Giovanni Keplero e Wilhelm Schickard.
Già nel 1612, Bernegger tradusse l'opera di Galileo Galilei in latino, come Tractatus de proportionum instrumento.[2]
Dal 1607, Bernegger insegnò, a Caspar Brülow (1585-1627), presso il ginnasio protestante, e successivamente insegnò, nel 1616, presso l'Accademia di Strasburgo.
Bernegger era anche molto interessato nel settore politico; e durante la Guerra dei Trent'anni cercò di negoziare con i francesi. Come pacifista, si oppose a Caspar Schoppe, che invocava la guerra santa contro i protestanti.
Opere
Manuale Mathematicum … Allen Bau- vnd Kriegsverständigen … vnd andern Kunstliebenden in Teutscher Sprach. Strasburgo 1612
Gerhard Dünnhaupt: Matthias Bernegger (1582–1640), in: Personalbibliographien zu den Drucken des Barock, Bd. 1. Stuttgart: Hiersemann 1990, S. 490-533. ISBN 3-7772-9013-0
