Nel 1948, promosse assieme a Giuseppe Ruotolo, vescovo di Ugento, una peregrinatio della statua della Vergine di Santa Maria de finibus terrae in tutte le parrocchie della sua diocesi.[1]
dal 20 al 27 maggio 1962 la celebrazione del Congresso eucaristico interdiocesano, in ricorrenza del giubileo sacerdotale ed episcopale, del presule Margiotta, concluso con la benedizione, il successivo giorno 28, della prima pietra della chiesa parrocchiale di San Vito Martire, situata a Brindisi, da parte del cardinalePaolo Giobbedatario della dataria apostolica;[6]
Presentò le dimissioni dall'ufficio di arcivescovo, in conformità alle disposizioni § 21 del decreto conciliareChristus Dominus,[9]. Il 30 aprile 1967papa Paolo VI decise che rimanesse nella sua titolarità di ordinario diocesano e dispose altresì la nomina di Orazio Semeraro, già suo vicario generale, ad arcivescovo coadiutore ed amministratore apostolico sede plena.
Il 24 maggio 1975, papa Paolo VI, a causa della rinuncia, per motivi di salute, dell'arcivescovo Orazio Semeraro, accolse le dimissioni dell'arcivescovo Margiotta e nominò il successore nella persona di Settimio Todisco, anch'egli già suo vicario generale.
Si spense, all'età di 86 anni, a Martina Franca presso la casa paterna, che decise venisse destinata alla formazione del clero; a perpetua memoria fu apposta una lapide.[10] Le sue spoglie riposano nella Basilica di San Martino, nella cappella dell'Addolorata.
Nel 2013, a Martina Franca, presso la basilica di San Martino è stato inaugurato, dall'arcivescovo Filippo Santoro, un archivio storico e della biblioteca della basilica intitolata al presule Margiotta.
Anche la Fondazione Nuove Proposte, di Martina Franca, sempre nel 2013, ha istituito un premio per gli studi religiosi intitolato a Nicola Margiotta ed Enrico Nicodemo.[11]
