Fondata nel 1996, dal 2020 rappresenta la massima tradizione sportiva cittadina relativamente al calcio, ponendosi in continuità storica con l'A.S. Noicàttaro Calcio. Quest'ultimo sodalizio fu fondato per la prima volta nel 1985 e nel 2020 si è sciolto a causa dello spostamento del proprio titolo sportivo in un altro comune (Mola di Bari).
L'Associazione Sportiva Noicattaro nacque nel 1985, raccogliendo l'eredità della vecchia società fondata nel 1952.
Nella stagione 1987-1988 vince il campionato di Promozione Pugliese e viene promosso nel campionato Interregionale. Nella stagione 1989-1990 retrocede in Promozione.
Nella stagione 1994-1995 vince un altro campionato di Promozione Puglia e viene promosso in Eccellenza.
Nella stagione 1995-1996 termina 4ª nel campionato di Eccellenza Pugliese, vince la Coppa Italia di Eccellenza (fase regionale) ma nella fase nazionale della Coppa perde in semifinale contro il Locri.
Gli anni della Serie D e della C2 (1996-2011)
Nella stagione 1996-1997 vince il campionato di Eccellenza Pugliese, la Coppa Italia di Eccellenza (fase regionale) e la Coppa Italia di Eccellenza (fase nazionale). Nella finale della fase nazionale della Coppa sconfigge l'Ivrea nella doppia sfida andata e ritorno. Partecipa nella stessa stagione anche alla finale di Supercoppa Dilettanti in gara unica all'Olimpico di Roma, perdendo contro l'Astrea (vincitrice coppa Italia di serie D). L'allenatore di quella squadra è Sergio Notariale, il Presidente è Agostino Divella.
Nella stessa stagione la categoria giovanile Giovanissimi (nati 1981), gestita in collaborazione con la ASD Pro Gioventù Noicàttaro, vince senza mai essere sconfitti prima il proprio girone e successivamente le fasi finali, laureandosi Campioni Regionali.
Nella stagione 1998-1999 retrocede in Eccellenza.
Nella stagione 2000-01 chiude al 2º posto in Eccellenza e torna in Serie D vincendo la finale spareggio nazionale contro l'Alcamo in gara andata e ritorno. L'allenatore è Nicola Ragno, alla Presidenza la coppia Agostino Divella-Enrico Tatò.
Nella stagione 2005-2006 la squadra juniores della società rossonera vince lo Scudetto Juniores Dilettanti Nazionale.
Al termine della stagione 2006-2007 la squadra è promossa per la prima volta nella sua storia in Serie C2, in virtù del primo posto conquistato nel girone H di Serie D. L'allenatore di quella squadra è Enzo Del Rosso, il Presidente è Enrico Tatò. Rimane in Seconda Divisione fino al termine della stagione 2009-2010, conclusa con la retrocessione in serie D dopo i play-out persi contro la Vibonese.
Per la stagione 2010-2011 il presidente Enrico Tatò lascia la piazza nojana. La società non trova i mezzi per partecipare alla Serie D e ottiene di scendere nel campionato di Promozione pugliese.[1] La squadra, presieduta da un nuovo gruppo societario composto da imprenditori locali, termina il campionato al 6º posto, mancando per pochi punti l'accesso ai play-off.
La radiazione e le rifondazioni nei campionati regionali
Per la stagione 2011-2012 la società non s'iscrive a nessun campionato e viene quindi radiata. Viene rilevato il titolo della ex A.S.D. Libertas Palese di Bari, che era stata ripescata nel campionato di Eccellenza Puglia dopo aver disputato l'intero campionato di Promozione pugliese per la città di Bitonto.[2] La squadra chiude al 12º posto in Eccellenza Puglia.
Nella stagione 2012-2013 il club si unisce all'A.S.D. Puglia Sport Altamura, diventando A.S.D. Puglia Sport Noicattaro.[3] Dopo aver disputato un campionato in Promozione (concluso in sedicesima posizione in classifica), nell'estate 2013 il titolo sportivo viene spostato a Laterza.
Per scongiurare la scomparsa definitiva del calcio a Noicattaro, nell'estate del 2013, la società nojana di Calcio Giovanile fondata nel 1989, la A.S.D. Pro Gioventù Noicattaro, con colori sociali il giallo e il verde, appoggiata da alcuni imprenditori locali, forma una squadra per le categorie dilettantistiche.[4][5] La nuova formazione disputa il campionato di Terza Categoria 2013-2014, chiudendo al 3º posto e perdendo la finale play-off contro l'Acquaviva.
Nell'estate del 2014 la società acquista il titolo sportivo del Valenzano e partecipa alla Seconda Categoria Puglia con la denominazione temporanea di A.S.D. A.S.C. Valenzano.[6]
Nell'estate del 2015 il sodalizio assume ufficialmente la denominazione di A.S.D. Noicattaro Calcio.[7] Dopo un altro campionato di Seconda Categoria, rinuncia all'iscrizione al campionato 2016-2017 richiedendo di partecipare ai campionati del Settore Giovanile e Scolastico, al fine di conservare l'anzianità federale e il numero di matricola.[8]
Nel 2016 Agostino Divella (già presidente dell'A.S. Noicattaro in passato) sposta da Mola di Bari a Noicattaro l'Atletico Mola, squadra di Eccellenza Puglia, variandone i colori sociali in rosso e nero ma non la denominazione ufficiale, nell'attesa di progetti definitivi per gli anni successivi (quindi non raccogliendo l'eredità storica della formazione rossonera).[9] Dopo aver concluso la competizione a metà classifica il titolo sportivo viene ceduto a una cordata imprenditoriale molfettese che cambia ancora colori e nome. La stessa cordata, proprietaria dell'A.S.D. Nuova Molfetta 1983 (nota come Molfetta Calcio), vende a un gruppo d'imprenditori nojani il proprio titolo sportivo di Promozione, a cui questi riportano il nome "A.S.D. Noicattaro Calcio".[10]
Nell'estate 2020, concluso il campionato di Promozione al nono posto, il presidente Agostino Divella decide di ritrasferire il titolo da Noicàttaro alla vicina Mola di Bari cedendolo alla Virtus Mola, variandone i colori sociali in bianco e azzurro e la denominazione ufficiale, annullando del tutto la A.S.D. Noicàttaro Calcio (rimanendo libero il gruppo dirigenziale e mettendo da parte il logo ufficiale).
Da agosto 2020 il calcio nojano (prima squadra e juniores) è rappresentato dalla Noja Calcio 96 (fondata appunto nel '96 disputando vari campionati di Terza Categoria), che mantenendo i colori sociali rosso e nero e appropriandosi,[senza fonte] variandolo di poco, del logo societario della vecchia A.S.D. Noicàttaro Calcio, si iscrive al campionato provinciale di Prima Categoria previa concessione della FIGC per il riconoscimento dell'eredità sportiva.[11]
2009-2010 - 15º nel girone C della Lega Pro Seconda Divisione. Retrocesso dopo i play-out, l'A.S. Noicattaro s.r.l. non si iscrive in Serie D ripartendo dal campionato regionale di Promozione.[13]
2010-2011 - 6º nel girone A della Promozione Puglia.
2011 - La società non si iscrive e viene radiata. Viene rilevato il titolo sportivo della A.S.D. Libertas Palese di Bari: nasce l'Associazione Sportiva Dilettantistica Libertas Noicattaro.
2011-2012 - 12º nel girone unico dell'Eccellenza Puglia.
2012 - La società fallisce e mediante l'acquisto del titolo dell'A.S.D. Puglia Sport Altamura, neopromosso in Promozione, nasce l'Associazione Sportiva Dilettantistica Puglia Sport Noicattaro.
2012-13 - 16º nel girone A della Promozione Puglia.
2013 - Cede il titolo al Laterza, che diventerà Puglia Sport Laterza. L'Associazione Sportiva Dilettantistica Pro Gioventù Noicattaro, società di puro settore giovanile, si iscrive al campionato provinciale di Terza Categoria.
2013-2014 - 3º nel girone A della Terza Categoria Bari. Perde la finale play-off.
2014 - Acquista il titolo sportivo dell'A.S.D. A.S.C. Valenzano, militante in Seconda Categoria, non cambiando ufficialmente denominazione.
2014-2015 - 6º nel girone B della Seconda Categoria Puglia.
2015 - Cambia denominazione in Associazione Sportiva Dilettantistica Noicattaro Calcio.
2015-2016 - 7º nel girone B della Seconda Categoria Puglia.
2016 - Rinuncia all'iscrizione al campionato di competenza, proseguendo l'attività con il settore giovanile.
2017 - Un gruppo imprenditoriale acquisisce il titolo sportivo dell'A.S.D. Nuova Molfetta 1983 (Promozione) cambiandogli nome in Associazione Sportiva Dilettantistica Noicattaro Calcio.
2017-18 - 13º nel girone A della Promozione Puglia.
2018-19 - 11º nel girone A della Promozione Puglia.
2019-20 - 12º nel girone A della Promozione Puglia.
2020 - Cede il titolo sportivo alla Virtus Mola. L'Associazione Sportiva Dilettantistica Noja Calcio 96, società di puro settore giovanile, si iscrive al campionato di Prima Categoria.
2020-21 - 13º nel girone B di Prima Categoria Puglia.
2021 - Campionato interrotto alla quarta giornata a causa della Pandemia di COVID-19.
2021-22 - 12º nel girone B di Prima Categoria Puglia.
2022-23 - 8º nel girone B di Prima Categoria Puglia.
I tifo organizzato nojano è diviso da una forte rivalità campanilistica dai supporters del Rutigliano. Altra rivalità particolarmente sentita è con i tifosi del Grottaglie.