Tre anni dopo, durante il successivo Tunnel of Love Express Tour, Scialfa e Springsteen iniziarono una relazione sentimentale in concomitanza con l'inizio della crisi del matrimonio tra il cantautore e la moglie, la modella Julianne Phillips. L'8 giugno 1991 la coppia si sposò: hanno tre figli, Evan James, Jessica Rae e Samuel Ryan.
Dopo lo scioglimento della E Street Band nel 1989 ha continuato a collaborare con Springsteen sia in studio che dal vivo, dentro e fuori la E Street Band.