La compagnia venne fondata il 25 luglio 1988 come società per azioni, ma, a causa del ritardo della legge che liberalizzava il trasporto aereo, dovette aspettare fino al 7 luglio 1990 prima di poter effettuare il primo volo, il Lisbona-Porto e, sempre lo stesso giorno, il Lisbona-Faro. I voli internazionali, a causa delle restrizioni della legislazione vigente, poterono essere effettuati solamente come voli charter operati per conto di TAP. I voli di linea internazionali dagli aeroporti di Lisbona e Porto cominciarono nel giugno 1992. Il 6 novembre 2006 Grupo Espirito Santo, proprietario di TAP e Portugalia, annunciò l'acquisizione da parte di TAP del 99,81% delle azioni Portugalia.
A tutto marzo 2007 i dipendenti erano 750.
PGA Express, sussidiaria di Portugalia, gestisce i voli da Lisbona a La Coruña, Bilbao, Malaga e Valencia.
Per diversi anni, Portugalia poté fregiarsi del logo "Best Regional Airline in Europe" e nel 2005 si classificò al secondo posto nella graduatoria delle migliori compagnie aeree d'Europa stilata da Skytrax.
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