パリで生まれた。父親は甲殻類の研究などでも知られる動物学者のアンリ・ミルヌ＝エドワールである。医学を学んだ後、父親の助手として働いた。1865年にパリ高等薬学院（École de Pharmacie de Paris）の教授となり、1865年にパリ自然史博物館の鳥類学の教授となり、後に哺乳類・鳥類部門の長となった。化石鳥類や深海の生物を専門とし、1891年に、自然史博物館の館長となった。
1880年から行われた、トラヴァイエ号（Travailleur）によるビスケー湾の深海調査に参加した科学者の一人で、1880年に動物学の成果の報告書、"Travailleur, Compte rendu sommaire d'une exploration zoologique faite dans le Golfe de Gascogne a bord du navire de l'Etat le Travailleuran" を執筆した。その後もトラヴァイエ号とその後継のタリスマン号（Talisman）などによる各地の深海調査にかかわった。この功績で1884年にフランス地理学会（(Société de Géographie, France）のゴールド・メダルを受賞した。
鳥類学の分野では化石鳥類に関する著作、"Recherches anatomiques et paléontologiques pour servir à l'histoire des oiseaux fossiles de la France" (quatre volumes, 1867-1872)やマダガスカルの鳥類に関する著作、"Recherches sur la faune ornithologique éteinte des îles Mascareignes et de Madagascar" (1866-1874)などで知られる。
Histoire naturelle des animaux. Masson, Paris 1897.
Notice sur quelques espèces d'oiseaux actuellement éteintes qui se trouvent représentées dans les collections du Muséum d’Histoire naturelle. Paris 1893.
Crustacés. Gauthier-Villars, Paris 1891.
Expéditions scientifiques du Travailleur et du Talisman pendant les années 1880, 1881, 1882, 1883. Masson, Paris 1888–1906.
Eléments de l’Histoire naturelle des Animaux. Masson, Paris 1882.
Notice sur les travaux scientifiques. Martinet, Paris 1879.
Recherches pour servir à l’histoire naturelle des mammifères. Masson, Paris 1868–74.
Recherches anatomiques et paléontologiques pour servir à l’histoire des oiseaux fossiles de la France. Massons, Paris 1867–71.
Recherches sur la faune ornithologique éteinte des iles Mascareignes et de Madagascar. Masson, Paris 1866–73.
Recherches anatomiques, zoologiques et paléontologiques sur la famille des Chevrotains. Martinet, Paris 1864.
Rapport sur la production et l’emploi du sel en Angleterre... Paris 1850.
参考文献
Alfred Lacroix: Notice historique sur Alphonse Milne-Edwards. Paris 1924.
