運河はアメリカ合衆国ではSoo Locks、カナダではSault Ste. Marie Canalとそれぞれ呼ばれている。セントメアリーズ川の落差7mの急流を避け、2つの湖の高低差を克服して船舶の航行を可能にするため、運河にはパナマ運河などと同様に閘門が用いられている。アメリカ合衆国側運河には4つ、カナダ側運河には1つの閘門が設けられている。スーセントマリー運河は世界で最も交通量の多い運河の1つで、年間約12,000隻の船舶が通航する。五大湖・セントローレンス川の氷結のため同水路上の水上交通が行われない冬季、毎年1月中頃から3月にかけては、スーセントマリー運河の閘門は休止となる。休止期間中には、主に閘門の検査やメンテナンスが行われている。
デービス閘門（Davis Lock） - 1914年完成。長さ411m、幅24m、水深7m。現存する閘門の中で最も古いものであるが使用頻度は低く、交通量が特に多いときに軽量の貨物船や観光ツアー船など小型の船舶を通航させるのに用いられている。この閘門を初めて通航したのはジェームズ・A・ファレル号（SS James A Farrell）であった。並列する4つの閘門のうち北から2番目。
マッカーサー閘門（MacArthur Lock） - 1943年完成。長さ244m、幅24m、水深9m。ウェランド運河を通るオンタリオ湖以東やアメリカ合衆国/カナダ国外からの船舶はこの閘門を通ることができるため、これらの船舶を通航させるために使われている。この閘門を初めて通航したのはカール・D・ブラッドレー号（SS Carl D. Bradley）であった。一番南側。
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